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Missing 1 hospitalized

Abierto
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@PhilMiller ya está trabajando en esto.

Desde el 29/3/2020.

Evaluación

Este issue todavía no se ha evaluado.

Descripción

bug python qa

Corey review, confirm, and suggest a solution.

There is an initial hospitalized patient because fitting was done for the date_first_hospitalized or date_first_hospitalized was estimated from doubling_time.

This likely causes an underestimate in growth rate for small marked share, because a single hospitalized patient represents a larger change from zero than in larger market shares.

This shows up later in test_model_cumulative_census:

    # TODO: is 1.0 for ceil function?
    diff = admits.hospitalized[1:-1] - (
        0.05 * 0.05 * (raw_df.infected[1:-1] + raw_df.recovered[1:-1]) - 1.0
    )

Missing a patient during in build_dispositions_df:

def build_dispositions_df(
    raw_df: pd.DataFrame,
    rates: Dict[str, float],
    market_share: float,
    current_date: datetime,
) -> pd.DataFrame:
    """Build dispositions dataframe of patients adjusted by rate and market_share."""
    patients = raw_df.infected + raw_df.recovered
    day = raw_df.day
    return pd.DataFrame({
        "day": day,
        "date": day.astype('timedelta64[D]') + np.datetime64(current_date),
        **{
            key: patients * rate * market_share
            for key, rate in rates.items()
        }
    })
Lenguaje dominante
Python
Estrellas
210
Forks
153
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

Abrir la guía de contribución

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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