ClawBio

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• [Bug] vcf-annotator: a non-VCF or malformed file is reported as "0 variants, 0 Pathogenic" and exits 0

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 79/100

  ClawBio/ClawBio#698 · Abierto el 23/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• [Documentation] seq-wrangler: fold README.md into SKILL.md and remove it

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  ClawBio/ClawBio#689 · Abierto el 21/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• [Documentation] nfcore-scrnaseq-wrapper: fold README.md into SKILL.md and remove it

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

  ClawBio/ClawBio#688 · Abierto el 21/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• [Documentation] nfcore-sarek-wrapper: fold README.md into SKILL.md and remove it

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  ClawBio/ClawBio#687 · Abierto el 21/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• [Documentation] nfcore-rnastructurome-wrapper: fold README.md into SKILL.md and remove it

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100

  ClawBio/ClawBio#686 · Abierto el 21/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• [Documentation] nfcore-rnaseq-wrapper: fold README.md into SKILL.md and remove it

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  ClawBio/ClawBio#685 · Abierto el 21/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Should wgs-prs run sarek through nfcore-sarek-wrapper?

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  question

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 12/100

  ClawBio/ClawBio#644 · Abierto el 16/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Should pubmed-summariser and lit-synthesizer be merged?

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

  ClawBio/ClawBio#642 · 3 comentarios · Abierto el 16/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Retire `skill-builder`: the catalog routes "new skill" to a generator that produces non-conformant SKILL.md files

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  Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 42/100

  ClawBio/ClawBio#551 · Abierto el 8/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• [Skill] Public genomic archive retrieval with Genomics MCP

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 18/100

  ClawBio/ClawBio#501 · Abierto el 28/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Repo cleanup

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 15/100

  ClawBio/ClawBio#484 · Abierto el 25/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• preferred_artifacts type vocabulary: open with a UI fallback, or fixed and documented?

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

  ClawBio/ClawBio#440 · Abierto el 16/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• nutrigx: four judgement calls on panel membership and provenance, raised rather than patched

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  ClawBio/ClawBio#429 · Abierto el 12/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Reproducibility bundles are optional by construction: 34 skills have none, 18 created after the shared layer landed

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  documentation enhancement P2

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 12/100

  ClawBio/ClawBio#372 · 1 comentario · Abierto el 29/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• CI never runs on R and shell skills: no workflow run has ever existed for #329

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

  ClawBio/ClawBio#360 · 4 comentarios · Abierto el 22/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Two skills need a licence decision: rare-disease-rnaseq (none declared) and fastreer (GPL-3.0)

  Abierto

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  Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 22/100

  ClawBio/ClawBio#340 · Abierto el 13/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Encode recurring domain failure classes as ClawBench CI gates (scanner passes scientifically-wrong skill PRs)

  Abierto

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

  ClawBio/ClawBio#313 · 1 comentario · Abierto el 4/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Help wanted: add more nf-core pipeline wrappers (3 implemented, ~150 available)

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 50/100

  ClawBio/ClawBio#277 · Abierto el 31/5/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Continue rollout of shared reproducibility API across remaining skills

  Abierto

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

  ClawBio/ClawBio#226 · Abierto el 4/5/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• FAIRification of ClawBio skills

  Abierto

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

  ClawBio/ClawBio#107 · 4 comentarios · Abierto el 5/4/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Remediation: clawbio_bench external audit findings (80/140 passing)

  Abierto

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 22/100

  ClawBio/ClawBio#106 · 3 comentarios · Abierto el 5/4/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Validate real ICA metadata enrichment in illumina-bridge

  Abierto

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

  ClawBio/ClawBio#74 · 2 comentarios · Abierto el 20/3/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• locuscompare-region-render: duplicate eQTL Catalogue rows are paired twice (SORT1 golden: 2,547 pairs, 2,487 unique)

  Posiblemente ocupada @madaraviv la tomó hace 1 día. Abierto

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  ClawBio/ClawBio#692 · 1 comentario · Abierto el 21/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• [Documentation] clinical-trial-finder: example output and README predate the shared reproducibility/ layout

  Posiblemente ocupada @sooraj-codes la tomó hace 7 días. Abierto

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  bug

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 70/100

  ClawBio/ClawBio#630 · 1 comentario · Abierto el 15/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• pharmgx-reporter: detected DPYD*2A with HapB3 untested should report at least IM, not Indeterminate

  Posiblemente ocupada @manuelcorpas la tomó hace 10 días. Abierto

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  ClawBio/ClawBio#602 · Abierto el 13/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• pharmgx-reporter: methotrexate graded on MTHFR genotype without a CPIC basis; labels overstate activity

  Posiblemente ocupada @abotescu20-maker la tomó hace 11 días. Abierto

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

  ClawBio/ClawBio#594 · Abierto el 12/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• wgs-prs: --demo fails at VCF QC on bcftools 1.23 (demo VCF header has no ##contig lines)

  Posiblemente ocupada @ShryukGrandhi la tomó hace 3 días. Abierto

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  help wanted

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 85/100

  ClawBio/ClawBio#568 · Abierto el 9/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• [Skill] scrna-embedding-audit: score cell embeddings against an in-run PCA baseline (first of a foundation-model series)

  Posiblemente ocupada @krudo-taco la tomó hace 18 días. Abierto

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 15/100

  ClawBio/ClawBio#541 · 3 comentarios · Abierto el 5/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día