ggtree support

Offen

#2,380 erstellt am 19.8.2024 2 Kommentare 0 Reaktionen 0 zugewiesene Personen Auf GitHub ansehen

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Bewertung

Schwierigkeit: 4/5
Geschätzter Aufwand: 3-5 Tage
Anfängerfreundlichkeit: 35/100

Issue-Typ: Feature
Klarheit: Größtenteils klar
Aktivitätsstatus: Veraltet
Tech-Stack: r
Bereich: data-visualization

Rechercherichtung

Beginnen Sie mit dem bereitgestellten R-Beispiel und dem Einstiegspunkt ggplotly(), und verfolgen Sie dann die Warnung von geom2trace.default() für geom_GeomTextGGtree zurück. Die Aufgabe ist abgeschlossen, wenn der ggtree-Plot ohne die Warnung zu einem nicht implementierten Geom in Plotly konvertiert wird und zoombar bleibt.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

Hello everyone. I wanted to plot a phylogeny tree thanks to ggtree R package. Yet, I have too many species (around 1000) and the graph is unreadable. Thus, I wanted to convert the plot into plotly format to be able to zoom in. But I got this error message (see below).

Thank you for your help !

tree = read.tree("ressources/phylogeny_tree.tree")
p <- ggtree(tree, layout = "circular") + 
  geom_tiplab(size = 2) + 
  theme_tree2()  
ggplotly(p)

5: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
  geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  https://github.com/ropensci/plotly/issues
6: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
  geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  https://github.com/ropensci/plotly/issues

Vorherrschende Sprache: R
Sterne: 2.7k
Forks: 641
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
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