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ggtree support

Ouverte
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Évaluation

Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Accessibilité débutants
35/100
Type d'issue
Fonctionnalité
Clarté
Plutôt claire
Activité
À l'abandon
Stack technique
r
Domaine
data-visualization

Piste de recherche

Commencez par l’exemple R fourni et le point d’entrée ggplotly(), puis remontez jusqu’à l’avertissement de geom2trace.default() pour geom_GeomTextGGtree. C’est terminé lorsque le graphique ggtree est converti en Plotly sans l’avertissement concernant un geom non implémenté et reste zoomable.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

Hello everyone. I wanted to plot a phylogeny tree thanks to ggtree R package. Yet, I have too many species (around 1000) and the graph is unreadable. Thus, I wanted to convert the plot into plotly format to be able to zoom in. But I got this error message (see below).

Thank you for your help !

tree = read.tree("ressources/phylogeny_tree.tree")
p <- ggtree(tree, layout = "circular") + 
  geom_tiplab(size = 2) + 
  theme_tree2()  
ggplotly(p)

5: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
  geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  https://github.com/ropensci/plotly/issues
6: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
  geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  https://github.com/ropensci/plotly/issues
Langage dominant
R
Étoiles
2.7k
Forks
641
Aucune PR mergée en 30 j

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