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openbabel
Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data.

C++ · 1388 Sterne
documentation
Sphinx-based documentation for the Open Babel project

Python · 10 Sterne
openbabel.github.io
The Open Babel website https://openbabel.org

HTML · 5 Sterne

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OBMol::Clear() does not clear the title, so a reused molecule keeps the previous title
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 66/100

openbabel/openbabel#3032 · Erstellt am 16.10.2026
OBReactionFacade::ClearInternalState() makes the facade count every component twice
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 82/100

openbabel/openbabel#3031 · Erstellt am 16.10.2026
OBConversion keeps reading new input as gzip after one auto-detected gzip stream (ReadString / Read with a new stream fail)
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 Ein halber Tag Anfängerfreundlichkeit 50/100

openbabel/openbabel#3030 · Erstellt am 16.10.2026
mmCIF reader joins all residues of a branched entity (glycan) into one residue, so BMA atoms are written as NAG
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 68/100

openbabel/openbabel#3028 · 1 Kommentar · Erstellt am 12.10.2026
PDB writer silently cuts 5-character residue names to 3 characters (A1AJ1 is written as A1A, a different CCD component)
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 70/100

openbabel/openbabel#3027 · Erstellt am 12.10.2026
Question: deuterated ligand keeps explicit hydrogens in PDBQT output and TORSDOF differs — is this intended?
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

openbabel/openbabel#3005 · Erstellt am 05.8.2026
Incorrect bond type written for aromatic bonds in MDL SDF files
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- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100

openbabel/openbabel#3000 · 5 Kommentare · Erstellt am 24.7.2026
obabel writes CIF files with cartesion coordinates identified as _atom_site_fract_
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100

openbabel/openbabel#2995 · 1 Kommentar · Erstellt am 18.7.2026
Windows PyPI wheels (3.2.1) are missing the InChI format plugin
Offen
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

openbabel/openbabel#2994 · 2 Kommentare · Erstellt am 14.7.2026
openbabel 3.1.1-x64 executable deletes all user path-variables upon installation.
Offen
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

openbabel/openbabel#2984 · 3 Reaktionen · Erstellt am 18.6.2026
static build of `PNG2Format` plugin
Offen
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

openbabel/openbabel#2983 · 1 Kommentar · Erstellt am 14.6.2026
missing asset/Windows installer obabel 3.2.0
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

openbabel/openbabel#2976 · 1 Reaktion · Erstellt am 11.6.2026
outdated doxygen files
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- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 68/100

openbabel/openbabel#2972 · Erstellt am 31.5.2026
git submodule is broken
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 58/100

openbabel/openbabel.github.io#27 · Erstellt am 27.5.2026
How to add hydrogen atoms with distinct labels?
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

openbabel/openbabel#2945 · 2 Kommentare · Erstellt am 20.5.2026
refactoring of raw pointers
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

openbabel/openbabel#2941 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · Erstellt am 20.5.2026
pytest_babel failure
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

openbabel/openbabel#2912 · 2 Kommentare · Erstellt am 14.5.2026
dependency management—CMake ExternalProject
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

openbabel/openbabel#2902 · Erstellt am 13.5.2026
depiction test failure
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

openbabel/openbabel#2893 · 1 Kommentar · Erstellt am 11.5.2026
No pdbqt format in obabel
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

openbabel/openbabel#2871 · 6 Kommentare · Erstellt am 14.4.2026
Can't see filename in OpenBabel GUI
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 50/100

openbabel/openbabel#2868 · 2 Kommentare · Erstellt am 11.3.2026
Is it possible to assign arbitrary functional groups (R1, R2, ...) to a molecule?
Offen
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

openbabel/openbabel#2866 · 1 Kommentar · Erstellt am 26.2.2026
forcefieldmmff94 in SetupCalculations for Torsions ignores rules after rule (C) page 631 (found_rule is always true)
Offen
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

openbabel/openbabel#2846 · Erstellt am 28.12.2025
Charges and radius not detected in pqr file
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

openbabel/openbabel#2845 · 3 Kommentare · Erstellt am 12.12.2025
smiles
Offen
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 10/100

openbabel/openbabel.github.io#26 · Erstellt am 14.10.2025
MMFF94 forcefield changing bond lengths when iterating molecules.
Offen
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

openbabel/openbabel#2835 · Erstellt am 19.9.2025
Crash-output filename should not contain extended characters
Offen
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

openbabel/openbabel#2825 · 1 Kommentar · Erstellt am 12.9.2025
trouble to read file from PubChem CID 158006103
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

openbabel/openbabel#2824 · 2 Kommentare · Erstellt am 11.9.2025
Support for QCSchema Molecule format
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

openbabel/openbabel#2821 · 4 Kommentare · Erstellt am 02.9.2025
obabel does not warn singular cell matrix
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

openbabel/openbabel#2818 · Erstellt am 19.8.2025
obabel fails to read two-letter elements in gro
Offen
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

openbabel/openbabel#2817 · Erstellt am 19.8.2025
Forcefield Calcs: Dielectric Constant cannot be changed after calling OBForceField.Setup()
Offen
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

openbabel/openbabel#2811 · Erstellt am 18.7.2025
Wrong AutoDock atom type assignment for non-polar hydrogen atoms in PDBQT files
Offen
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

openbabel/openbabel#2807 · 1 Kommentar · Erstellt am 16.6.2025
Faulty conversion of newer ChemDraw CDX files
Offen
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 50/100

openbabel/openbabel#2806 · Erstellt am 16.6.2025
AddressSanitizer
Offen
- Stimmt etwas nicht?
need info

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

openbabel/openbabel#2799 · 9 Kommentare · Erstellt am 04.6.2025
Parsing of .mol file leads to incorrect MMFF94 calculations (incorrect atom type assignment)
Offen
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100

openbabel/openbabel#2797 · Erstellt am 23.5.2025
Add floating point precision control to gzmat files?
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

openbabel/openbabel#2794 · 1 Kommentar · Erstellt am 11.5.2025
Sulfonamide conversion PDB to SDF
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

openbabel/openbabel#2792 · 5 Kommentare · Erstellt am 09.5.2025
sdf V2000/V3000 differ in managing unusual valence
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openbabel/openbabel#2790 · Erstellt am 28.4.2025
QA Warning: -Wuninitialized, /src/formats/mdffformat.cpp:135:50 (path)
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openbabel/openbabel#2782 · 1 Kommentar · Erstellt am 24.3.2025
convert from/to smiles produces incorrect output
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openbabel/openbabel#2781 · Erstellt am 18.3.2025
-p fails when --gen3d also specified
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openbabel/openbabel#2778 · 1 Kommentar · Erstellt am 25.2.2025
Error in ComputeCharges
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openbabel/openbabel#2776 · 6 Kommentare · Erstellt am 22.2.2025
Bug: wrong Z/E configuration on long carbon chains
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

openbabel/openbabel#2775 · 5 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 18.2.2025
convert sdf to mae file
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

openbabel/openbabel#2774 · 1 Kommentar · Erstellt am 12.2.2025
EQEq fails to compute non-periodic charges due to premature return
Offen
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 58/100

openbabel/openbabel#2771 · 1 Kommentar · Erstellt am 27.1.2025
How to get molecular mechanic atom types form Open Babel ?
Offen
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 30/100

openbabel/openbabel#2768 · 6 Kommentare · Erstellt am 19.1.2025
pybel readstring produces incorrect molecule for 'cdjson' format
Offen
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

openbabel/openbabel#2763 · 2 Kommentare · Erstellt am 09.1.2025
Regression in SMILES 'anti-canonical' output
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 40/100

openbabel/openbabel#2761 · 2 Kommentare · Erstellt am 04.1.2025
Can not convert pdbqt to mol2
Offen
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

openbabel/openbabel#2758 · 10 Kommentare · Erstellt am 19.12.2024

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