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openbabel

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openbabel
Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data.

C++ · スター 1388 個
documentation
Sphinx-based documentation for the Open Babel project

Python · スター 10 個
openbabel.github.io
The Open Babel website https://openbabel.org

HTML · スター 5 個

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誰かが対応中かもしれないイシューは最後に並べています。すべて日付順に表示

OBMol::Clear() does not clear the title, so a reused molecule keeps the previous title
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 66/100

openbabel/openbabel#3032 · 2026年10月16日に作成
OBReactionFacade::ClearInternalState() makes the facade count every component twice
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 82/100

openbabel/openbabel#3031 · 2026年10月16日に作成
OBConversion keeps reading new input as gzip after one auto-detected gzip stream (ReadString / Read with a new stream fail)
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 半日初心者へのやさしさ 50/100

openbabel/openbabel#3030 · 2026年10月16日に作成
mmCIF reader joins all residues of a branched entity (glycan) into one residue, so BMA atoms are written as NAG
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

openbabel/openbabel#3028 · コメント 1 件 · 2026年10月12日に作成
PDB writer silently cuts 5-character residue names to 3 characters (A1AJ1 is written as A1A, a different CCD component)
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 70/100

openbabel/openbabel#3027 · 2026年10月12日に作成
Question: deuterated ligand keeps explicit hydrogens in PDBQT output and TORSDOF differs — is this intended?
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

openbabel/openbabel#3005 · 2026年8月5日に作成
Incorrect bond type written for aromatic bonds in MDL SDF files
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

openbabel/openbabel#3000 · コメント 5 件 · 2026年7月24日に作成
obabel writes CIF files with cartesion coordinates identified as _atom_site_fract_
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

openbabel/openbabel#2995 · コメント 1 件 · 2026年7月18日に作成
Windows PyPI wheels (3.2.1) are missing the InChI format plugin
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

openbabel/openbabel#2994 · コメント 2 件 · 2026年7月14日に作成
openbabel 3.1.1-x64 executable deletes all user path-variables upon installation.
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

openbabel/openbabel#2984 · リアクション 3 件 · 2026年6月18日に作成
static build of `PNG2Format` plugin
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

openbabel/openbabel#2983 · コメント 1 件 · 2026年6月14日に作成
missing asset/Windows installer obabel 3.2.0
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

openbabel/openbabel#2976 · リアクション 1 件 · 2026年6月11日に作成
outdated doxygen files
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

openbabel/openbabel#2972 · 2026年5月31日に作成
git submodule is broken
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 58/100

openbabel/openbabel.github.io#27 · 2026年5月27日に作成
How to add hydrogen atoms with distinct labels?
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

openbabel/openbabel#2945 · コメント 2 件 · 2026年5月20日に作成
refactoring of raw pointers
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

openbabel/openbabel#2941 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 2026年5月20日に作成
pytest_babel failure
オープン
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難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

openbabel/openbabel#2912 · コメント 2 件 · 2026年5月14日に作成
dependency management—CMake ExternalProject
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 48/100

openbabel/openbabel#2902 · 2026年5月13日に作成
depiction test failure
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 48/100

openbabel/openbabel#2893 · コメント 1 件 · 2026年5月11日に作成
No pdbqt format in obabel
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

openbabel/openbabel#2871 · コメント 6 件 · 2026年4月14日に作成
Can't see filename in OpenBabel GUI
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 50/100

openbabel/openbabel#2868 · コメント 2 件 · 2026年3月11日に作成
Is it possible to assign arbitrary functional groups (R1, R2, ...) to a molecule?
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

openbabel/openbabel#2866 · コメント 1 件 · 2026年2月26日に作成
forcefieldmmff94 in SetupCalculations for Torsions ignores rules after rule (C) page 631 (found_rule is always true)
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

openbabel/openbabel#2846 · 2025年12月28日に作成
Charges and radius not detected in pqr file
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 38/100

openbabel/openbabel#2845 · コメント 3 件 · 2025年12月12日に作成
smiles
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 10/100

openbabel/openbabel.github.io#26 · 2025年10月14日に作成
MMFF94 forcefield changing bond lengths when iterating molecules.
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

openbabel/openbabel#2835 · 2025年9月19日に作成
Crash-output filename should not contain extended characters
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

openbabel/openbabel#2825 · コメント 1 件 · 2025年9月12日に作成
trouble to read file from PubChem CID 158006103
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

openbabel/openbabel#2824 · コメント 2 件 · 2025年9月11日に作成
Support for QCSchema Molecule format
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

openbabel/openbabel#2821 · コメント 4 件 · 2025年9月2日に作成
obabel does not warn singular cell matrix
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

openbabel/openbabel#2818 · 2025年8月19日に作成
obabel fails to read two-letter elements in gro
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

openbabel/openbabel#2817 · 2025年8月19日に作成
Forcefield Calcs: Dielectric Constant cannot be changed after calling OBForceField.Setup()
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

openbabel/openbabel#2811 · 2025年7月18日に作成
Wrong AutoDock atom type assignment for non-polar hydrogen atoms in PDBQT files
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

openbabel/openbabel#2807 · コメント 1 件 · 2025年6月16日に作成
Faulty conversion of newer ChemDraw CDX files
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 50/100

openbabel/openbabel#2806 · 2025年6月16日に作成
AddressSanitizer
オープン
- 何か問題がありますか？
need info

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

openbabel/openbabel#2799 · コメント 9 件 · 2025年6月4日に作成
Parsing of .mol file leads to incorrect MMFF94 calculations (incorrect atom type assignment)
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

openbabel/openbabel#2797 · 2025年5月23日に作成
Add floating point precision control to gzmat files?
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

openbabel/openbabel#2794 · コメント 1 件 · 2025年5月11日に作成
Sulfonamide conversion PDB to SDF
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

openbabel/openbabel#2792 · コメント 5 件 · 2025年5月9日に作成
sdf V2000/V3000 differ in managing unusual valence
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

openbabel/openbabel#2790 · 2025年4月28日に作成
QA Warning: -Wuninitialized, /src/formats/mdffformat.cpp:135:50 (path)
オープン
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難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

openbabel/openbabel#2782 · コメント 1 件 · 2025年3月24日に作成
convert from/to smiles produces incorrect output
オープン
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難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

openbabel/openbabel#2781 · 2025年3月18日に作成
-p fails when --gen3d also specified
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

openbabel/openbabel#2778 · コメント 1 件 · 2025年2月25日に作成
Error in ComputeCharges
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

openbabel/openbabel#2776 · コメント 6 件 · 2025年2月22日に作成
Bug: wrong Z/E configuration on long carbon chains
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

openbabel/openbabel#2775 · コメント 5 件 · リアクション 1 件 · 2025年2月18日に作成
convert sdf to mae file
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

openbabel/openbabel#2774 · コメント 1 件 · 2025年2月12日に作成
EQEq fails to compute non-periodic charges due to premature return
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 58/100

openbabel/openbabel#2771 · コメント 1 件 · 2025年1月27日に作成
How to get molecular mechanic atom types form Open Babel ?
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

openbabel/openbabel#2768 · コメント 6 件 · 2025年1月19日に作成
pybel readstring produces incorrect molecule for 'cdjson' format
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

openbabel/openbabel#2763 · コメント 2 件 · 2025年1月9日に作成
Regression in SMILES 'anti-canonical' output
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 40/100

openbabel/openbabel#2761 · コメント 2 件 · 2025年1月4日に作成
Can not convert pdbqt to mol2
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

openbabel/openbabel#2758 · コメント 10 件 · 2024年12月19日に作成

openbabel

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