openbabel

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  openbabel/openbabel#3032 · Aperta il 16/10/2026

• OBReactionFacade::ClearInternalState() makes the facade count every component twice

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  openbabel/openbabel#3031 · Aperta il 16/10/2026

• OBConversion keeps reading new input as gzip after one auto-detected gzip stream (ReadString / Read with a new stream fail)

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  openbabel/openbabel#3030 · Aperta il 16/10/2026

• mmCIF reader joins all residues of a branched entity (glycan) into one residue, so BMA atoms are written as NAG

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  openbabel/openbabel#3028 · 1 commento · Aperta il 12/10/2026

• PDB writer silently cuts 5-character residue names to 3 characters (A1AJ1 is written as A1A, a different CCD component)

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  openbabel/openbabel#3027 · Aperta il 12/10/2026

• Question: deuterated ligand keeps explicit hydrogens in PDBQT output and TORSDOF differs — is this intended?

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  openbabel/openbabel#3005 · Aperta il 5/8/2026

• Incorrect bond type written for aromatic bonds in MDL SDF files

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  openbabel/openbabel#3000 · 5 commenti · Aperta il 24/7/2026

• obabel writes CIF files with cartesion coordinates identified as _atom_site_fract_

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  openbabel/openbabel#2995 · 1 commento · Aperta il 18/7/2026

• Windows PyPI wheels (3.2.1) are missing the InChI format plugin

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  openbabel/openbabel#2994 · 2 commenti · Aperta il 14/7/2026

• openbabel 3.1.1-x64 executable deletes all user path-variables upon installation.

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  openbabel/openbabel#2984 · 3 reazioni · Aperta il 18/6/2026

• static build of `PNG2Format` plugin

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  openbabel/openbabel#2983 · 1 commento · Aperta il 14/6/2026

• missing asset/Windows installer obabel 3.2.0

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  openbabel/openbabel#2976 · 1 reazione · Aperta il 11/6/2026

• outdated doxygen files

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  openbabel/openbabel#2972 · Aperta il 31/5/2026

• git submodule is broken

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  openbabel/openbabel.github.io#27 · Aperta il 27/5/2026

• How to add hydrogen atoms with distinct labels?

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  openbabel/openbabel#2945 · 2 commenti · Aperta il 20/5/2026

• refactoring of raw pointers

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  openbabel/openbabel#2941 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 20/5/2026

• pytest_babel failure

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  openbabel/openbabel#2912 · 2 commenti · Aperta il 14/5/2026

• dependency management—CMake ExternalProject

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  openbabel/openbabel#2902 · Aperta il 13/5/2026

• depiction test failure

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  openbabel/openbabel#2893 · 1 commento · Aperta il 11/5/2026

• No pdbqt format in obabel

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  openbabel/openbabel#2871 · 6 commenti · Aperta il 14/4/2026

• Can't see filename in OpenBabel GUI

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  openbabel/openbabel#2868 · 2 commenti · Aperta il 11/3/2026

• Is it possible to assign arbitrary functional groups (R1, R2, ...) to a molecule?

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  openbabel/openbabel#2866 · 1 commento · Aperta il 26/2/2026

• forcefieldmmff94 in SetupCalculations for Torsions ignores rules after rule (C) page 631 (found_rule is always true)

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  openbabel/openbabel#2846 · Aperta il 28/12/2025

• Charges and radius not detected in pqr file

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  openbabel/openbabel#2845 · 3 commenti · Aperta il 12/12/2025

• smiles

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  openbabel/openbabel.github.io#26 · Aperta il 14/10/2025

• MMFF94 forcefield changing bond lengths when iterating molecules.

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  openbabel/openbabel#2835 · Aperta il 19/9/2025

• Crash-output filename should not contain extended characters

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  openbabel/openbabel#2825 · 1 commento · Aperta il 12/9/2025

• trouble to read file from PubChem CID 158006103

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  openbabel/openbabel#2824 · 2 commenti · Aperta il 11/9/2025

• Support for QCSchema Molecule format

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  openbabel/openbabel#2821 · 4 commenti · Aperta il 2/9/2025

• obabel does not warn singular cell matrix

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  openbabel/openbabel#2818 · Aperta il 19/8/2025

• obabel fails to read two-letter elements in gro

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  openbabel/openbabel#2817 · Aperta il 19/8/2025

• Forcefield Calcs: Dielectric Constant cannot be changed after calling OBForceField.Setup()

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  openbabel/openbabel#2811 · Aperta il 18/7/2025

• Wrong AutoDock atom type assignment for non-polar hydrogen atoms in PDBQT files

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  openbabel/openbabel#2807 · 1 commento · Aperta il 16/6/2025

• Faulty conversion of newer ChemDraw CDX files

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  openbabel/openbabel#2806 · Aperta il 16/6/2025

• AddressSanitizer

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  openbabel/openbabel#2799 · 9 commenti · Aperta il 4/6/2025

• Parsing of .mol file leads to incorrect MMFF94 calculations (incorrect atom type assignment)

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  openbabel/openbabel#2797 · Aperta il 23/5/2025

• Add floating point precision control to gzmat files?

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  openbabel/openbabel#2794 · 1 commento · Aperta il 11/5/2025

• Sulfonamide conversion PDB to SDF

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  openbabel/openbabel#2792 · 5 commenti · Aperta il 9/5/2025

• sdf V2000/V3000 differ in managing unusual valence

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  openbabel/openbabel#2790 · Aperta il 28/4/2025

• QA Warning: -Wuninitialized, /src/formats/mdffformat.cpp:135:50 (path)

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  openbabel/openbabel#2782 · 1 commento · Aperta il 24/3/2025

• convert from/to smiles produces incorrect output

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  openbabel/openbabel#2781 · Aperta il 18/3/2025

• -p fails when --gen3d also specified

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  openbabel/openbabel#2778 · 1 commento · Aperta il 25/2/2025

• Error in ComputeCharges

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  openbabel/openbabel#2776 · 6 commenti · Aperta il 22/2/2025

• Bug: wrong Z/E configuration on long carbon chains

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  openbabel/openbabel#2775 · 5 commenti · 1 reazione · Aperta il 18/2/2025

• convert sdf to mae file

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  openbabel/openbabel#2774 · 1 commento · Aperta il 12/2/2025

• EQEq fails to compute non-periodic charges due to premature return

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  openbabel/openbabel#2771 · 1 commento · Aperta il 27/1/2025

• How to get molecular mechanic atom types form Open Babel ?

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  openbabel/openbabel#2768 · 6 commenti · Aperta il 19/1/2025

• pybel readstring produces incorrect molecule for 'cdjson' format

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  openbabel/openbabel#2763 · 2 commenti · Aperta il 9/1/2025

• Regression in SMILES 'anti-canonical' output

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  openbabel/openbabel#2761 · 2 commenti · Aperta il 4/1/2025

• Can not convert pdbqt to mol2

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  openbabel/openbabel#2758 · 10 commenti · Aperta il 19/12/2024