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Develop `Context` class in context.py

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Ein zugehöriger Pull Request wurde bereits gemerged.

  • #34 von @ubdbra001 — gemerged

Bewertung

Schwierigkeit
5/5
Geschätzter Aufwand
Über eine Woche
Anfängerfreundlichkeit
25/100
Issue-Typ
Feature
Klarheit
Muss geklärt werden
Aktivitätsstatus
Veraltet
Tech-Stack
python
Bereich
tooling

Rechercherichtung

Beginne in context.py und vergleiche die vorgeschlagene Context-Oberfläche mit der Dokumentation des Context-Protokolls; verfolge anschließend Dataset und FileParts für die bereits identifizierten Werte. Bestätige den verbleibenden Umfang für associations, ome und tiff sowie, wie ihre zugehörigen Klassen dargestellt werden sollten; abgeschlossen bedeutet, dass Context das Protokoll abdeckt und die aufgeführten Dateimetadaten bereitstellt.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

The Context class needs to be added, and functionality needs to be developed.

It should reflect the protocols listed here

This class reflects the context for an individual file in a dataset, and so should be instantiated with path to the file in question and the Dataset object for that file.

Functionality that needs to be added:

  • schema: Can be accessed from Dataset object
  • dataset: Passed on creation
  • subject: From entities? Need to develop Subject class?
  • path: Generated in the FileParts object
  • size: os.path.getsize()?
  • entities: Generated in the FileParts object
  • datatype: Generated in the FileParts object
  • suffix: Generated in the FileParts object
  • extension: Generated in the FileParts object
  • modality: From datatype?
  • sidecar: Needs to use load_sidecar and `walk_back'?
  • associations: Need to develop Associations class
  • columns: If the current file has .tsv extesion then parse? What to use to parse?
  • json: If current file has .json extension then parse using JSON module?
  • gzip: Python has in-built gzip module, not sure how to read the header specifically. Need to develop GZip class?
  • nifti_header: Need to develop NiftiHeader class. Can use nibabel for most of this, will likely need guidance.
  • ome: Need to develop Ome class. Never heard of OME before, so will need guidance.
  • tiff: Need to develop Tiff class

I'll start work on the parts that don't require additional classes, but as suggested I'll create stubs for everything else.

@effigies does this look broadly correct?

Vorherrschende Sprache
Python
Sterne
10
Forks
7
Keine gemergten PRs in 30 T.

Entwicklungsumgebung

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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