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Develop `Context` class in context.py

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Avaliação

Dificuldade
5/5
Tempo estimado
Mais de uma semana
Facilidade para iniciantes
25/100
Tipo de issue
Funcionalidade
Clareza
Precisa de esclarecimento
Status de atividade
Estagnada
Stack de tecnologia
python
Domínio
tooling

Direção de pesquisa

Comece em context.py e compare a superfície proposta de Context com a documentação do protocolo Context; em seguida, rastreie Dataset e FileParts para os valores já identificados. Confirme o escopo restante para associations, ome e tiff e como suas classes relacionadas devem ser representadas; considera-se concluído quando Context cobre o protocolo e expõe os metadados de arquivo listados.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

The Context class needs to be added, and functionality needs to be developed.

It should reflect the protocols listed here

This class reflects the context for an individual file in a dataset, and so should be instantiated with path to the file in question and the Dataset object for that file.

Functionality that needs to be added:

  • schema: Can be accessed from Dataset object
  • dataset: Passed on creation
  • subject: From entities? Need to develop Subject class?
  • path: Generated in the FileParts object
  • size: os.path.getsize()?
  • entities: Generated in the FileParts object
  • datatype: Generated in the FileParts object
  • suffix: Generated in the FileParts object
  • extension: Generated in the FileParts object
  • modality: From datatype?
  • sidecar: Needs to use load_sidecar and `walk_back'?
  • associations: Need to develop Associations class
  • columns: If the current file has .tsv extesion then parse? What to use to parse?
  • json: If current file has .json extension then parse using JSON module?
  • gzip: Python has in-built gzip module, not sure how to read the header specifically. Need to develop GZip class?
  • nifti_header: Need to develop NiftiHeader class. Can use nibabel for most of this, will likely need guidance.
  • ome: Need to develop Ome class. Never heard of OME before, so will need guidance.
  • tiff: Need to develop Tiff class

I'll start work on the parts that don't require additional classes, but as suggested I'll create stubs for everything else.

@effigies does this look broadly correct?

Linguagem predominante
Python
Estrelas
10
Forks
7
Nenhum PR com merge em 30d

Preparar o ambiente

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

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