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Develop `Context` class in context.py

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Une pull request liée a déjà été fusionnée.

  • #34 par @ubdbra001 — fusionnée

Évaluation

Difficulté
5/5
Temps estimé
Plus d'une semaine
Accessibilité débutants
25/100
Type d'issue
Fonctionnalité
Clarté
À clarifier
Activité
À l'abandon
Stack technique
python
Domaine
tooling

Piste de recherche

Commencez dans context.py et comparez la surface proposée de Context avec la documentation du protocole Context, puis suivez Dataset et FileParts pour les valeurs déjà identifiées. Confirmez le périmètre restant pour associations, ome et tiff ainsi que la manière dont leurs classes associées doivent être représentées ; le travail est terminé lorsque Context couvre le protocole et expose les métadonnées de fichier indiquées.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

The Context class needs to be added, and functionality needs to be developed.

It should reflect the protocols listed here

This class reflects the context for an individual file in a dataset, and so should be instantiated with path to the file in question and the Dataset object for that file.

Functionality that needs to be added:

  • schema: Can be accessed from Dataset object
  • dataset: Passed on creation
  • subject: From entities? Need to develop Subject class?
  • path: Generated in the FileParts object
  • size: os.path.getsize()?
  • entities: Generated in the FileParts object
  • datatype: Generated in the FileParts object
  • suffix: Generated in the FileParts object
  • extension: Generated in the FileParts object
  • modality: From datatype?
  • sidecar: Needs to use load_sidecar and `walk_back'?
  • associations: Need to develop Associations class
  • columns: If the current file has .tsv extesion then parse? What to use to parse?
  • json: If current file has .json extension then parse using JSON module?
  • gzip: Python has in-built gzip module, not sure how to read the header specifically. Need to develop GZip class?
  • nifti_header: Need to develop NiftiHeader class. Can use nibabel for most of this, will likely need guidance.
  • ome: Need to develop Ome class. Never heard of OME before, so will need guidance.
  • tiff: Need to develop Tiff class

I'll start work on the parts that don't require additional classes, but as suggested I'll create stubs for everything else.

@effigies does this look broadly correct?

Langage dominant
Python
Étoiles
10
Forks
7
Aucune PR mergée en 30 j

Préparer son environnement

Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
  3. Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

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