Hacktoberfest 2026: die Issues, die Maintainer für den Oktober markiert haben – offen und einsteigerfreundlich. Hacktoberfest-Issues durchsuchen

GROMACS launch check runs only where gmx is installed on the client

Offen
  • Stimmt etwas nicht?
#371 1 Kommentar 0 Reaktionen 0 zugewiesene Personen Auf GitHub ansehen

Dieses Issue hat noch niemand übernommen.

Bewertung

Schwierigkeit
5/5
Geschätzter Aufwand
Über eine Woche
Anfängerfreundlichkeit
35/100
Issue-Typ
Feature
Klarheit
Größtenteils klar
Aktivitätsstatus
Aktiv
Tech-Stack
c, linux
Bereich
backend, cli

Rechercherichtung

Start by reading scripts/parsers/gromacs.launchpp and tracing how launch stages inputs, resolves the registered GROMACS binary and module prologue, and opens the existing warning dialog. The issue also calls for client-side checks and a shared remote-run path for Prepare tasks, so map those entry points before estimating the change. Done when the stated remote and local checks run before submission and the warning dialog appears for a deliberate grompp error.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

The GROMACS launch check (scripts/parsers/gromacs.launchpp) runs gmx grompp on the launching computer, and only when gmx is installed there. Most clients (Windows, macOS, most Linux desktops) have no GROMACS, so the check is skipped and an input error is found only in the job's output file, after the queue wait on a cluster.

Change

  1. Run the check on the machine that runs the job. Launch has already staged the inputs in the run directory there; run gmx grompp in it over the same ssh connection, with the registered GROMACS binary and the machine's module prologue, before the job is submitted. On a queued machine this runs on the login node (a short serial tool). The result goes to the existing launch-warning dialog (Cancel / Launch anyway); nothing blocks. Fall back to the client's gmx only when the machine is unreachable.
  2. Client-side checks that need no GROMACS, for the common errors: topology and structure disagree (atom count, names, order); non-zero net charge with PME; cut-off longer than half the shortest box vector (partly exists for the cell).

The same remote-run mechanism lets a Prepare task run its gmx tools on the login node instead of as a queued job.

Test: a client without gmx (NerdEgg, Monterey) launching to a Linux machine with GROMACS (radium), with a deliberate grompp error (e.g. tcoupl = nose-hoover, tau-t = 0.01): the dialog appears before submission.

Vorherrschende Sprache
C
Sterne
10
Forks
8
Ø Merge
57 Min.
Gemergte PRs (30 T.)
2

Entwicklungsumgebung

Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Mehr aus FriendsofECCE/ECCE

Alle Issues in FriendsofECCE/ECCE

Ähnliche Issues

Weitere Issues zu C

Neue Issues direkt in Ihr Postfach

Eine kurze Übersicht über anfängerfreundliche GitHub-Issues.