Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

GROMACS launch check runs only where gmx is installed on the client

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#371 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
c, linux
Lĩnh vực
backend, cli

Hướng nghiên cứu

Start by reading scripts/parsers/gromacs.launchpp and tracing how launch stages inputs, resolves the registered GROMACS binary and module prologue, and opens the existing warning dialog. The issue also calls for client-side checks and a shared remote-run path for Prepare tasks, so map those entry points before estimating the change. Done when the stated remote and local checks run before submission and the warning dialog appears for a deliberate grompp error.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

The GROMACS launch check (scripts/parsers/gromacs.launchpp) runs gmx grompp on the launching computer, and only when gmx is installed there. Most clients (Windows, macOS, most Linux desktops) have no GROMACS, so the check is skipped and an input error is found only in the job's output file, after the queue wait on a cluster.

Change

  1. Run the check on the machine that runs the job. Launch has already staged the inputs in the run directory there; run gmx grompp in it over the same ssh connection, with the registered GROMACS binary and the machine's module prologue, before the job is submitted. On a queued machine this runs on the login node (a short serial tool). The result goes to the existing launch-warning dialog (Cancel / Launch anyway); nothing blocks. Fall back to the client's gmx only when the machine is unreachable.
  2. Client-side checks that need no GROMACS, for the common errors: topology and structure disagree (atom count, names, order); non-zero net charge with PME; cut-off longer than half the shortest box vector (partly exists for the cell).

The same remote-run mechanism lets a Prepare task run its gmx tools on the login node instead of as a queued job.

Test: a client without gmx (NerdEgg, Monterey) launching to a Linux machine with GROMACS (radium), with a deliberate grompp error (e.g. tcoupl = nose-hoover, tau-t = 0.01): the dialog appears before submission.

Ngôn ngữ chính
C
Star
10
Fork
8
Merge trung bình
2 giờ 34 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
3

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của FriendsofECCE/ECCE

Tất cả issue của FriendsofECCE/ECCE

Issue tương tự

Thêm issue về C

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.