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AllenNeuralDynamics
247 indexierte Repositories · Auf GitHub ansehen
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aind-ephys-pipeline
AIND pipeline for processing extracellular electrophysiology data
Nextflow · 43 Sterne
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aind-data-schema
A library that defines AIND data schema and validates JSON.
Python · 34 Sterne
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openscope-community-predictive-processing
This repository serves as a hub for community-driven contributions, documentation, and project tracking of the OpenScope Predictive Proce...
Python · 27 Sterne
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aind-ephys-spikesort-kilosort25-full
CodeOcean capsule for full electrophysiology analysis pipeline using Kilosort2.5 via SpikeInterface.
Python · 14 Sterne
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aind-large-scale-cellpose
Large-scale cell segmentation with cellpose.
Python · 10 Sterne
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Rhapso
An open-source Python toolkit for large-scale fluorescence microscopy data alignment and fusion.
Python · 9 Sterne
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dynamic-foraging-task
Bonsai/Harp workflow for Dynamic Foraging with Python GUI for visualization and control
Python · 7 Sterne
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aind-smartspim-pipeline
Repository that hosts the 3D-Maestro pipeline code
Nextflow · 7 Sterne
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aind-smartspim-ccf-registration
Registration of lightsheet whole brain images to the Allen CCF V3 Atlas
Python · 6 Sterne
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anivia
Fork of VGG VIA to better support annotation of animal pose images
JavaScript · 5 Sterne
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TigerASI
a lightweight python interface for ASI brand Tiger Controllers
Python · 5 Sterne
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wavpack-numcodecs
Numcodecs implementation of the WavPack audio codec
C · 5 Sterne
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harp.device.lickety-split
0360: an ephys-compliant capacitive lick detector
C++ · 5 Sterne
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aind-SmartSPIM-segmentation
segmentation module for SmartSPIM cloud pipeline
Python · 5 Sterne
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harp.device.treadmill-driver
0326: a Harp-compatible device for controlling an instrumented mouse treadmill
Jupyter Notebook · 4 Sterne
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voxel-classic
General purpose microscope control repository
Python · 4 Sterne
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view
Model/View for exa-spim
Python · 4 Sterne
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runze-control
Python Driver for Aurora Pro Scientific (aka Runze Fluid) syringe pumps
Python · 4 Sterne
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pinpoint
Next-generation in vivo electrophysiology planning and automation tool.
TypeScript · 4 Sterne
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parallax
Automatic detection of probe position from multiple camera views
Python · 4 Sterne
- 227 weitere Repositories liegen auf Auf GitHub ansehen
Issues, an denen vielleicht schon jemand arbeitet, stehen am Ende. Alles nach Datum anzeigen
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Schwierigkeit 3/5 Ein halber Tag Anfängerfreundlichkeit 35/100
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 12/100
AllenNeuralDynamics/Aind.Behavior.VrForaging#618 · 1 Kommentar ·
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documentation
Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 88/100
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Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 35/100
AllenNeuralDynamics/aind-metadata-mapper#502 · 1 Kommentar ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
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Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 58/100
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 48/100
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 40/100
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Improve docsOffenenhancement
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
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Update Mixology ReadmeOffenenhancement
Schwierigkeit 3/5 Ein halber Tag Anfängerfreundlichkeit 25/100
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100
AllenNeuralDynamics/clabe#288 ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 24/100
AllenNeuralDynamics/biodata-models#40 ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100
AllenNeuralDynamics/aind-docker-images#74 · 6 Kommentare ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 2 Tagen
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dependencies
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
AllenNeuralDynamics/aind-docker-images#73 ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 2 Tagen
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 45/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
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Make client thread-safeOffen
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100
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Injection coordinatesOffen
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 65/100
AllenNeuralDynamics/aind-metadata-service#772 ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
AllenNeuralDynamics/aind-qc-portal#170 · 3 Kommentare ·
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
AllenNeuralDynamics/aind-software-docs#230 · 1 Kommentar ·
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
AllenNeuralDynamics/allen-asset-creation-library#11 · 1 Kommentar ·
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100
AllenNeuralDynamics/aind-software-docs#229 · 2 Kommentare ·
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
AllenNeuralDynamics/ficus#93 · 2 Kommentare ·
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Frames lost before the first saved row: 818586_2026-01-16 is 2.65 s off in the CSV (open question 3)Offen
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100
AllenNeuralDynamics/aind-dynamic-foraging-behavior-video-analysis#8 ·
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 68/100
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 45/100
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 72/100
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 65/100
AllenNeuralDynamics/zombie#86 ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 82/100
AllenNeuralDynamics/clabe#280 ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
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ExaSPIM operations tableOffen
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
AllenNeuralDynamics/harp.device.quac#122 · 1 Kommentar ·
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100
AllenNeuralDynamics/one-liner#68 · 1 Reaktion ·
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 40/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
AllenNeuralDynamics/Aind.Behavior.VrForaging.Packaging#84 · 1 Kommentar ·
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
AllenNeuralDynamics/harp.device.quac#119 · 1 Kommentar ·
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 72/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
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validate_provenance.py does not read per-launch launch_record subdirectoriesEvtl. vergeben @hanhou hat das vor 1 Tag übernommen. Offenbug priority:P2
AllenNeuralDynamics/aind-dynamic-foraging-bfm-dispatcher#169 · 1 zugewiesene Person ·
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Add saveTiff option for MultiRoiRegistration as wellEvtl. vergeben @j-friedrich hat das vor 1 Tag übernommen. Offen
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 76/100
AllenNeuralDynamics/GIAnT-MATLAB#12 · 1 zugewiesene Person ·
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Derive the parquet file from the NWB file objectEvtl. vergeben @arjunsridhar12345 hat das vor 1 Tag übernommen. Offen
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 15/100
AllenNeuralDynamics/Aind.Behavior.VrForaging.Packaging#90 · 1 zugewiesene Person ·
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Characterize NWB round-trip gaps before generating parquet from NWBEvtl. vergeben @arjunsridhar12345 hat das vor 1 Tag übernommen. Offen
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
AllenNeuralDynamics/Aind.Behavior.VrForaging.Packaging#89 · 1 Kommentar · 1 zugewiesene Person ·
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pin data schema models to the build fileEvtl. vergeben @arielleleon hat das vor 1 Tag übernommen. Offen
AllenNeuralDynamics/aind-fip-dff#92 · 1 Kommentar · 1 zugewiesene Person ·
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