Add support for Jacobian adjustment
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评估
调研方向
首先阅读 loo() 的输出结构，特别是 $pointwise 和 $estimates 槽，并检查所引用的 table_of_estimates() 辅助函数。定义应如何提供 Jacobian 调整，并确保所有受影响的摘要保持一致，包括比较两个以上模型时的模型顺序。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Related to discussion in a Stan discourse post
ROS book and some Stan discourse answers show how to make Jacobian adjustment for elpd_loo values if different models use different transformations of the continuous target. I had tested that a simple approach of adjusting the pointwise values as
loo_2_with_jacobian <- loo_2
loo_2_with_jacobian$pointwise[,1] <- loo_2_with_jacobian$pointwise[,1] - log(2*sqrt(data$y))
works when comparing two models. In case of more than two models, the summary values in $estimates slot are used to sort the models, which causes problems if the order is different after Jacobian adjustment. A quick fix is to update the summary, too
loo_2_with_jacobian$estimates["elpd_loo",] <- loo:::table_of_estimates(loo_2_with_jacobian$pointwise[,"elpd_loo", drop=FALSE])
It would be better to make a function that would properly update all the slots, or probably even better to add jacobian argument to loo() function.
This update would not be big, doesn't cause backward compatibility issues, and would make the life of users easier
- 主要语言
- R
- 星标
- 157
- 派生
- 38
- 平均合并
- 4 天 16 小时
- 30 天内合并 PR
- 2
贡献指南
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