Add support for Jacobian adjustment
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 30/100
Direzione di ricerca
Inizia leggendo la struttura dell’output di loo(), in particolare gli slot $pointwise e $estimates, e ispeziona l’helper table_of_estimates() referenziato. Definisci come debba essere fornito l’aggiustamento di Jacobian e assicurati che tutti i riepiloghi interessati rimangano coerenti, incluso l’ordinamento dei modelli quando se ne confrontano più di due.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Related to discussion in a Stan discourse post
ROS book and some Stan discourse answers show how to make Jacobian adjustment for elpd_loo values if different models use different transformations of the continuous target. I had tested that a simple approach of adjusting the pointwise values as
loo_2_with_jacobian <- loo_2
loo_2_with_jacobian$pointwise[,1] <- loo_2_with_jacobian$pointwise[,1] - log(2*sqrt(data$y))
works when comparing two models. In case of more than two models, the summary values in $estimates slot are used to sort the models, which causes problems if the order is different after Jacobian adjustment. A quick fix is to update the summary, too
loo_2_with_jacobian$estimates["elpd_loo",] <- loo:::table_of_estimates(loo_2_with_jacobian$pointwise[,"elpd_loo", drop=FALSE])
It would be better to make a function that would properly update all the slots, or probably even better to add jacobian argument to loo() function.
This update would not be big, doesn't cause backward compatibility issues, and would make the life of users easier
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 157
- Fork
- 38
- Merge medio
- 4g 16h
- PR unite (30g)
- 2
Guida per i contributori
Apri la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di stan-dev/loo
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100
-
Extend loo_plot_difference Aperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
-
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
-
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100
-
Clean up issues Aperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100
Tutte le issue di stan-dev/loo
Issue simili
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100
briandconnelly/airnow#9 ·
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100
OHDSI/CohortConstructor#774 ·
-
pre-review R TeX Track: 5 (DSAIS)
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 60/100
openjournals/joss-reviews#11330 · 7 commenti ·
-
Release autosync 0.1.1 Aperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100