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Add support for Jacobian adjustment

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
30/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia leggendo la struttura dell’output di loo(), in particolare gli slot $pointwise e $estimates, e ispeziona l’helper table_of_estimates() referenziato. Definisci come debba essere fornito l’aggiustamento di Jacobian e assicurati che tutti i riepiloghi interessati rimangano coerenti, incluso l’ordinamento dei modelli quando se ne confrontano più di due.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Related to discussion in a Stan discourse post

ROS book and some Stan discourse answers show how to make Jacobian adjustment for elpd_loo values if different models use different transformations of the continuous target. I had tested that a simple approach of adjusting the pointwise values as

loo_2_with_jacobian <- loo_2
loo_2_with_jacobian$pointwise[,1] <- loo_2_with_jacobian$pointwise[,1] - log(2*sqrt(data$y))

works when comparing two models. In case of more than two models, the summary values in $estimates slot are used to sort the models, which causes problems if the order is different after Jacobian adjustment. A quick fix is to update the summary, too

loo_2_with_jacobian$estimates["elpd_loo",] <- loo:::table_of_estimates(loo_2_with_jacobian$pointwise[,"elpd_loo", drop=FALSE])

It would be better to make a function that would properly update all the slots, or probably even better to add jacobian argument to loo() function.

This update would not be big, doesn't cause backward compatibility issues, and would make the life of users easier

Lingua principale
R
Stelle
157
Fork
38
Merge medio
4g 16h
PR unite (30g)
2

Guida per i contributori

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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