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Add support for Jacobian adjustment

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Evaluación

Dificultad
5/5
Tiempo estimado
Más de una semana
Aptitud para principiantes
30/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r
Área
data

Línea de trabajo

Empieza leyendo la estructura de salida de loo(), especialmente los slots $pointwise y $estimates, e inspecciona el helper table_of_estimates() referenciado. Define cómo debe proporcionarse el ajuste de Jacobian y asegúrate de que todos los resúmenes afectados sigan siendo coherentes, incluido el orden de los modelos al comparar más de dos modelos.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Related to discussion in a Stan discourse post

ROS book and some Stan discourse answers show how to make Jacobian adjustment for elpd_loo values if different models use different transformations of the continuous target. I had tested that a simple approach of adjusting the pointwise values as

loo_2_with_jacobian <- loo_2
loo_2_with_jacobian$pointwise[,1] <- loo_2_with_jacobian$pointwise[,1] - log(2*sqrt(data$y))

works when comparing two models. In case of more than two models, the summary values in $estimates slot are used to sort the models, which causes problems if the order is different after Jacobian adjustment. A quick fix is to update the summary, too

loo_2_with_jacobian$estimates["elpd_loo",] <- loo:::table_of_estimates(loo_2_with_jacobian$pointwise[,"elpd_loo", drop=FALSE])

It would be better to make a function that would properly update all the slots, or probably even better to add jacobian argument to loo() function.

This update would not be big, doesn't cause backward compatibility issues, and would make the life of users easier

Lenguaje dominante
R
Estrellas
157
Forks
38
Merge medio
4 d 16 h
PR fusionados (30 d)
2

Guía de contribución

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Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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