Owner

obophenotype

登录后关注

已索引 17 个仓库 · 在 GitHub 查看

human-phenotype-ontology
Ontology for the description of human clinical features

Makefile · 376 个 star
cell-ontology
An ontology of cell types

Makefile · 213 个 star
uberon
An ontology of gross anatomy covering metazoa. Works in concert with https://github.com/obophenotype/cell-ontology

Emacs Lisp · 164 个 star
upheno
The Unified Phenotype Ontology (uPheno) integrates multiple phenotype ontologies into a unified cross-species phenotype ontology.

Jupyter Notebook · 87 个 star
bio-attribute-ontology
source files for OBA (Ontology of Biological Attributes)

Jupyter Notebook · 32 个 star
ncbitaxon
Build for NCBITaxon

Python · 31 个 star
biological-spatial-ontology
An ontology for respresenting spatial concepts, anatomical axes, gradients, regions, planes, sides, and surfaces

Makefile · 14 个 star
c-elegans-phenotype-ontology
Ontology for phenotypes pertaining to the nematode Caenorhabditis elegans and related nematodes used by the nematode genome database Worm...

Makefile · 11 个 star
zebrafish-phenotype-ontology
A vocabulary for describing Zebrafish Phenotypes

Makefile · 9 个 star
hpo-translations
This repo will contain the Human Phenotype Ontology language profiles

Makefile · 9 个 star
chiro
CHEBI Integrated Role Ontology

Makefile · 7 个 star
porifera-ontology
An ontology covering the anatomy of Porifera (sponges)

Vue · 7 个 star
planaria-ontology
PLANA, the PLANarian Anatomy Ontology, encompasses the anatomy of developmental stages and adult biotypes of Schmidtea mediterranea.

Makefile · 7 个 star
chebi_obo_slim
A slimmed down version of CHEBI sufficient to cover 99% of the term needs across OBO ontologies

Makefile · 5 个 star
developmental-mouse-anatomy-ontology
Ontologies for mouse anatomy and development

Makefile · 5 个 star
ascomycete-phenotype-ontology

Shell · 4 个 star
sibo
Social Insect Behavior Ontology

3 个 star

适合新手全部

未关闭全部

可能已有人在做的 issue 排在最后。全部按时间排序

HP:0003234 Decreased circulating carnitine concentration: add synonym "Low carnitine"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 72/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11799 · 2026年10月9日创建
HP:0003235 Hypermethioninemia: add synonym "Elevated methionine"
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 74/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11798 · 2026年10月9日创建
HP:0000848 Increased circulating renin concentration: add synonym "Elevated renin"
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1 小时以内新手友好度 72/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11797 · 2026年10月9日创建
HP:0003154 Increased circulating ACTH level: add synonym "Elevated ACTH"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 65/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11796 · 2026年10月9日创建
HP:0002925 Elevated circulating thyroid-stimulating hormone concentration: add synonym "Elevated TSH"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 62/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11795 · 2026年10月9日创建
HP:0003165 Elevated circulating parathyroid hormone level: add synonym "Elevated PTH"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 68/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11794 · 2026年10月9日创建
HP:0001987 Hyperammonemia: add synonym "Elevated ammonia"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 72/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11793 · 2026年10月9日创建
HP:0002151 Increased circulating lactate concentration: add synonym "Elevated lactate"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 72/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11792 · 2026年10月9日创建
HP:0003236 Elevated circulating creatine kinase activity: add synonym "Elevated CK"
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1 小时以内新手友好度 75/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11791 · 2026年10月9日创建
HP:0004372 Reduced consciousness: add synonym "Impaired consciousness"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 70/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11790 · 2026年10月9日创建
HP:0000678 Dental crowding: add synonym "Crowded dentition"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 82/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11789 · 2026年10月9日创建
HP:0002890 Thyroid carcinoma: add synonym "Thyroid cancer"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 65/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11788 · 2026年10月9日创建
HP:0001789 Hydrops fetalis: add synonym "Fetal hydrops", "Foetal hydrops"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 72/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11787 · 2026年10月9日创建
HP:0031217 Hot flashes: add synonym "Hot flushes"
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11786 · 2026年10月9日创建
HP:0012343 Decreased circulating ferritin concentration: add synonym "Hypoferritinemia", "Hypoferritinaemia"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 82/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11785 · 2026年10月9日创建
HP:0100023 Recurrent hand flapping: add synonym "Hand flapping"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 72/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11784 · 2026年10月9日创建
HP:0002788 Recurrent upper respiratory tract infections: add synonym "Recurrent URTI"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 68/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11783 · 2026年10月9日创建
HP:0006548 Pulmonary arteriovenous malformation: add synonym "Pulmonary AVM"
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1 小时以内新手友好度 70/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11782 · 2026年10月9日创建
HP:0002671 Basal cell carcinoma: add synonym "BCC"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 75/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11781 · 2026年10月9日创建
HP:0001520 Large for gestational age: add synonym "LGA"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 72/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11780 · 2026年10月9日创建
HP:0000097 Focal segmental glomerulosclerosis: add synonym "FSGS"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 78/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11779 · 2026年10月9日创建
HP:0004430 Severe combined immunodeficiency: add synonym "SCID"
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11778 · 2026年10月9日创建
HP:0001657 Prolonged QT interval: add synonym "LQTS"
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 75/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11777 · 2026年10月9日创建
NTR: extended amygdala (DHBA:10383)
未关闭
- 哪里不对？
new term request

难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

obophenotype/uberon#3783 · 2026年10月6日创建
Replace the placeholder scope comment on UPHENO:0001001 with wording agreed at an editors' call
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

obophenotype/upheno#1038 · 2026年10月1日创建
Retire or repurpose the `phenotype_modified` DOSDP pattern
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

obophenotype/upheno#1037 · 2026年10月1日创建
Run LLM mapping validation over the uPheno cross-species mappings
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

obophenotype/upheno#1036 · 2026年10月1日创建
Ontology QC workflow has been failing continuously: merged_import.owl does not exist in CI
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

obophenotype/upheno#1035 · 2026年10月1日创建
make with COMP=false fails: HRA component overrides in uberon.Makefile depend on undefined stamp rule (breaks #gogoeditdiff)
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 84/100

obophenotype/uberon#3780 · 2026年9月28日创建
[NTR] colonocyte progenitor cell
可能重新可做关联的 PR 已关闭且未合并。未关闭
- 哪里不对？
new term request

难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

obophenotype/cell-ontology#3753 · 9 条评论 · 1 个 reaction · 已指派 1 人 · 2026年9月28日创建

维护者通常 1 天内回复
Release workflow does not generate `chebi_slim.owl`
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

obophenotype/chebi_obo_slim#57 · 4 条评论 · 2026年9月25日创建
Recover the translator for 87 unattributed Arabic rows
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

obophenotype/hpo-translations#52 · 2026年9月25日创建
Refresh 112 stale OBA labels in the EFO and LOINC mapping sheets after the level → amount relabel
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

obophenotype/bio-attribute-ontology#453 · 2026年9月24日创建
Add image and reference metadata link to 'respiratory tract multiciliated cell'
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 85/100

obophenotype/cell-ontology#3750 · 2026年9月23日创建

维护者通常 1 天内回复
Review how HPO models enzyme concentration vs activity
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

obophenotype/human-phenotype-ontology#11772 · 1 条评论 · 2026年9月21日创建
[Fix] UBERON:0003351 'pharyngeal epithelium' is chordate-restricted but generically labelled
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

obophenotype/uberon#3776 · 1 条评论 · 2026年9月18日创建
[NTR] cloaca outside Vertebrata, or generalise UBERON:0000162
未关闭
- 哪里不对？
new term request

难度 5/5 一周以上新手友好度 42/100

obophenotype/uberon#3775 · 1 条评论 · 2026年9月18日创建
[NTR] respiratory tree (Holothuroidea)
未关闭
- 哪里不对？
new term request

难度 3/5 1-2 天新手友好度 70/100

obophenotype/uberon#3774 · 1 条评论 · 2026年9月18日创建
11 definitions in the 2026-06-19 release promise a `part_of` the axioms do not state, and 21 HPO phenotype definitions rest on those terms, and 20 automatic definitions place a metapodial element inside a digit the axioms declare disjoint from it
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

obophenotype/uberon#3773 · 2026年9月18日创建
Update readme to have relevant content
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 35/100

obophenotype/zebrafish-phenotype-ontology#78 · 2026年9月16日创建
Missing has_part relations to CL: systematic scan of term definitions (33 evidence-backed candidates)
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

obophenotype/uberon#3769 · 2026年9月14日创建
"thigh" may not be an appropriate exact synonym of `hindlimb stylopod`
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

obophenotype/uberon#3768 · 5 条评论 · 2026年9月11日创建
Definitions vs axioms in the 2026-06-19 release: a tooth both inside the head and disjoint from it, three terms whose definition and axiom disagree, and 12 candidate `part_of` axioms
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

obophenotype/uberon#3767 · 1 条评论 · 2026年9月11日创建
[Bug] chromaffin cell (CL:0000166) is inferred to be a neuron via the neuroendocrine cell equivalence, and inherits a hidden develops_from restriction
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

obophenotype/cell-ontology#3741 · 2026年9月10日创建

维护者通常 1 天内回复
[Bug] Hidden GCI: epithelial cell of thyroid gland (CL:0002257) gives parafollicular cell an endodermal origin, contradicting its neural crest derivation
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

obophenotype/cell-ontology#3740 · 2026年9月10日创建

维护者通常 1 天内回复
[Bug] Hidden GCI: lamp5 GABAergic interneuron (CL:4023011) puts a caudal ganglionic eminence origin on the MGE-derived Lamp5 Lhx6 neuron
可能重新可做 @dosumis 于 29 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
bug

obophenotype/cell-ontology#3739 · 已指派 1 人 · 2026年9月10日创建

维护者通常 1 天内回复
Term Request: Marginal keratitis
可能重新可做 @pnrobinson 于 29 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
new term request

obophenotype/human-phenotype-ontology#11756 · 已指派 1 人 · 2026年9月10日创建
Peripheral retinal degeneration is not Progressive loss of peripheral retinal pigment epithelium...
可能重新可做 @pnrobinson 于 30 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
textual definition

obophenotype/human-phenotype-ontology#11755 · 已指派 1 人 · 2026年9月9日创建
Term Request: Beaten metal appearance of corneal endothelium
可能重新可做 @pnrobinson 于 30 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
new term request

obophenotype/human-phenotype-ontology#11754 · 已指派 1 人 · 2026年9月8日创建
Term Request: Moon crater-like corneal endothelial lesions
可能重新可做 @pnrobinson 于 30 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
new term request

obophenotype/human-phenotype-ontology#11753 · 已指派 1 人 · 2026年9月8日创建

只显示最新的 100 条

这个页面只列出最近收录的部分。完整清单在高级筛选里，可以按语言、难度和预计耗时筛选。

前往高级筛选

obophenotype

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

只显示最新的 100 条

把新 issue 发到你的邮箱