obophenotype

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  obophenotype/uberon#3786 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0003234 Decreased circulating carnitine concentration: add synonym "Low carnitine"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11799 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0003235 Hypermethioninemia: add synonym "Elevated methionine"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11798 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0000848 Increased circulating renin concentration: add synonym "Elevated renin"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11797 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0003154 Increased circulating ACTH level: add synonym "Elevated ACTH"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11796 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0002925 Elevated circulating thyroid-stimulating hormone concentration: add synonym "Elevated TSH"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11795 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0003165 Elevated circulating parathyroid hormone level: add synonym "Elevated PTH"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11794 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0001987 Hyperammonemia: add synonym "Elevated ammonia"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11793 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0002151 Increased circulating lactate concentration: add synonym "Elevated lactate"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11792 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0003236 Elevated circulating creatine kinase activity: add synonym "Elevated CK"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11791 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0004372 Reduced consciousness: add synonym "Impaired consciousness"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11790 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0000678 Dental crowding: add synonym "Crowded dentition"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11789 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0002890 Thyroid carcinoma: add synonym "Thyroid cancer"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11788 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0001789 Hydrops fetalis: add synonym "Fetal hydrops", "Foetal hydrops"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11787 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0031217 Hot flashes: add synonym "Hot flushes"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11786 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0012343 Decreased circulating ferritin concentration: add synonym "Hypoferritinemia", "Hypoferritinaemia"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11785 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0100023 Recurrent hand flapping: add synonym "Hand flapping"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11784 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0002788 Recurrent upper respiratory tract infections: add synonym "Recurrent URTI"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11783 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0006548 Pulmonary arteriovenous malformation: add synonym "Pulmonary AVM"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11782 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0002671 Basal cell carcinoma: add synonym "BCC"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11781 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0001520 Large for gestational age: add synonym "LGA"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11780 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0000097 Focal segmental glomerulosclerosis: add synonym "FSGS"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11779 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0004430 Severe combined immunodeficiency: add synonym "SCID"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11778 · Ouverte le 9/10/2026

• HP:0001657 Prolonged QT interval: add synonym "LQTS"

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11777 · Ouverte le 9/10/2026

• UBERON:0000125 “neural nucleus” xref NCIT:C13197 points to cell nucleus

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  obophenotype/uberon#3785 · Ouverte le 8/10/2026

• Taxon-specific ontology generation using composite-metazoan

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  obophenotype/uberon#3784 · Ouverte le 8/10/2026

• NTR: extended amygdala (DHBA:10383)

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  obophenotype/uberon#3783 · Ouverte le 6/10/2026

• Replace the placeholder scope comment on UPHENO:0001001 with wording agreed at an editors' call

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  obophenotype/upheno#1038 · Ouverte le 1/10/2026

• Retire or repurpose the `phenotype_modified` DOSDP pattern

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  obophenotype/upheno#1037 · Ouverte le 1/10/2026

• Run LLM mapping validation over the uPheno cross-species mappings

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  obophenotype/upheno#1036 · Ouverte le 1/10/2026

• Ontology QC workflow has been failing continuously: merged_import.owl does not exist in CI

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  obophenotype/upheno#1035 · Ouverte le 1/10/2026

• make with COMP=false fails: HRA component overrides in uberon.Makefile depend on undefined stamp rule (breaks #gogoeditdiff)

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  obophenotype/uberon#3780 · Ouverte le 28/9/2026

• Release workflow does not generate `chebi_slim.owl`

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  obophenotype/chebi_obo_slim#57 · 4 commentaires · Ouverte le 25/9/2026

• Recover the translator for 87 unattributed Arabic rows

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  obophenotype/hpo-translations#52 · Ouverte le 25/9/2026

• Refresh 112 stale OBA labels in the EFO and LOINC mapping sheets after the level → amount relabel

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  obophenotype/bio-attribute-ontology#453 · Ouverte le 24/9/2026

• Add image and reference metadata link to 'respiratory tract multiciliated cell'

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  obophenotype/cell-ontology#3750 · Ouverte le 23/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Review how HPO models enzyme concentration vs activity

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11772 · 1 commentaire · Ouverte le 21/9/2026

• [Fix] UBERON:0003351 'pharyngeal epithelium' is chordate-restricted but generically labelled

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  obophenotype/uberon#3776 · 1 commentaire · Ouverte le 18/9/2026

• [NTR] cloaca outside Vertebrata, or generalise UBERON:0000162

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  obophenotype/uberon#3775 · 1 commentaire · Ouverte le 18/9/2026

• [NTR] respiratory tree (Holothuroidea)

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  obophenotype/uberon#3774 · 1 commentaire · Ouverte le 18/9/2026

• 11 definitions in the 2026-06-19 release promise a `part_of` the axioms do not state, and 21 HPO phenotype definitions rest on those terms, and 20 automatic definitions place a metapodial element inside a digit the axioms declare disjoint from it

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  obophenotype/uberon#3773 · Ouverte le 18/9/2026

• Update readme to have relevant content

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  obophenotype/zebrafish-phenotype-ontology#78 · Ouverte le 16/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Missing has_part relations to CL: systematic scan of term definitions (33 evidence-backed candidates)

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  obophenotype/uberon#3769 · Ouverte le 14/9/2026

• "thigh" may not be an appropriate exact synonym of `hindlimb stylopod`

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  obophenotype/uberon#3768 · 5 commentaires · Ouverte le 11/9/2026

• Definitions vs axioms in the 2026-06-19 release: a tooth both inside the head and disjoint from it, three terms whose definition and axiom disagree, and 12 candidate `part_of` axioms

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  obophenotype/uberon#3767 · 1 commentaire · Ouverte le 11/9/2026

• [Bug] chromaffin cell (CL:0000166) is inferred to be a neuron via the neuroendocrine cell equivalence, and inherits a hidden develops_from restriction

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  obophenotype/cell-ontology#3741 · Ouverte le 10/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• [Bug] Hidden GCI: epithelial cell of thyroid gland (CL:0002257) gives parafollicular cell an endodermal origin, contradicting its neural crest derivation

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  obophenotype/cell-ontology#3740 · Ouverte le 10/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• [Bug] Hidden GCI: lamp5 GABAergic interneuron (CL:4023011) puts a caudal ganglionic eminence origin on the MGE-derived Lamp5 Lhx6 neuron

  Peut-être à nouveau libre @dosumis l’a pris il y a 30 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  obophenotype/cell-ontology#3739 · 1 personne assignée · Ouverte le 10/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Term Request: Marginal keratitis

  Peut-être à nouveau libre @pnrobinson l’a pris il y a 30 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11756 · 1 personne assignée · Ouverte le 10/9/2026

• Peripheral retinal degeneration is not Progressive loss of peripheral retinal pigment epithelium...

  Peut-être à nouveau libre @pnrobinson l’a pris il y a 31 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  obophenotype/human-phenotype-ontology#11755 · 1 personne assignée · Ouverte le 9/9/2026