[Bug]: `ref_line="unfished"` not working with ` plot_spawning_biomass` with `example_data`
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评估
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 新手友好度
- 55/100
- Issue 类型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活跃度
- 活跃
- 技术栈
- r
调研方向
Start by tracing how plot_spawning_biomass handles ref_line="unfished" and how convert_output maps SSB_virgin and SSB_unfished for SS3 models, especially in the DERIVED_QUANTITIES module. Compare the duplicate spawning_biomass_unfished entries in example_data and check related plotting tests. Done means the unfished reference line appears as expected without conflating quantities that may differ in complex models.
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Describe the bug
When running plot_spawning_biomass(example_data, ref_line="unfished"), no unfished reference point is added to the ensuing plot (note that the function does NOT throw an error, it just doesn't plot the expected reference).
Describe how to reproduce the bug
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Screenshots
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Which OS are you seeing the problem on?
No response
Which version of stockplotr are you seeing the problem on?
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Additional Context
From some sleuthing, this is due to there being multiple entries of "spawning_biomass_unfished" in the example_data dataset (at least for the "DERIVED_QUANTITIES" module name). convert_output is mapping both "SSB_virgin" and "SSB_unfished" to the label "spawning_biomass_unfished" for SS3 models. It is debatable whether these quantities SHOULD be interpreted as the same (they have the same estimated value in the example_data, though different uncertainties, and the SS3 manual notes that they may differ for complex models with time varying parameters).
- 主要语言
- R
- 星标
- 20
- 派生
- 10
- 平均合并
- 3 天 8 小时
- 30 天内合并 PR
- 31
环境准备
在浏览器里用你自己的 GitHub 账号启动这个项目的开发容器。
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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