[Bug]: `ref_line="unfished"` not working with ` plot_spawning_biomass` with `example_data`
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 55/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Activo
- Stack tecnológico
- r
- Área
- data-visualization
Línea de trabajo
Start by tracing how plot_spawning_biomass handles ref_line="unfished" and how convert_output maps SSB_virgin and SSB_unfished for SS3 models, especially in the DERIVED_QUANTITIES module. Compare the duplicate spawning_biomass_unfished entries in example_data and check related plotting tests. Done means the unfished reference line appears as expected without conflating quantities that may differ in complex models.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Describe the bug
When running plot_spawning_biomass(example_data, ref_line="unfished"), no unfished reference point is added to the ensuing plot (note that the function does NOT throw an error, it just doesn't plot the expected reference).
Describe how to reproduce the bug
No response
Screenshots
No response
Which OS are you seeing the problem on?
No response
Which version of stockplotr are you seeing the problem on?
No response
Additional Context
From some sleuthing, this is due to there being multiple entries of "spawning_biomass_unfished" in the example_data dataset (at least for the "DERIVED_QUANTITIES" module name). convert_output is mapping both "SSB_virgin" and "SSB_unfished" to the label "spawning_biomass_unfished" for SS3 models. It is debatable whether these quantities SHOULD be interpreted as the same (they have the same estimated value in the example_data, though different uncertainties, and the SS3 manual notes that they may differ for complex models with time varying parameters).
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 20
- Forks
- 10
- Merge medio
- 3 d 8 h
- PR fusionados (30 d)
- 31
Preparar el entorno
Inicia el contenedor de desarrollo del proyecto en tu navegador, con tu propia cuenta de GitHub.
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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