[Feature]: Multivariate-Tweedie for age/length compositional likelihood
@iantaylor-NOAA 已经在做这个了。
开始于 2022年3月7日。
评估
这个 Issue 还没有评估数据。
描述
I'm leading a paper with Tim Miller and Brian Stock, introducing a new "multivariate-Tweedie" likelihood for fitting age/length composition data. It is essentially a more flexible alternative to the Dirichlet-multinomial, and appears to have some useful pros and cons relative to the DM. It internally relies upon a dtweedie likeliood, which Johnoel is adding the ADMB-13, so it should be feasible to implement in SS3 by this summer.
Does anyone have sufficient time and interest to work with me to get it implemented (both in logical code, and with a thoughtful user-interface) in SS3?
[Edit: task list below added by Ian on March 24.]
To-do list for MV Tweedie likelihood based on comments above:
- create new MV-Tweedie-complike branch to host changes code
- add new likelihood calculation to
SS_objfun.tpland create a pull request (#278) - wait until ADMB 13 is released which will include the
dtweediefunction: https://github.com/admb-project/admb/issues/234 - double check likelihood calculation added to
SS_objfun.tplby @James-Thorson-NOAA - see what parameters need to be created in
SS_readdata_330.tpl - name parameters in
SS_readcontrol_330.tpl(two for mvtweedie compared with one for DM) - check everything else is handled automatically (reporting and write_ssnew)
- document the changes in the SS3 User Manual
- generalized size frequency section already updated in https://github.com/nmfs-stock-synthesis/doc/commit/28dd822037c4bfa1d04ad76a9f8a3972b7e7aece
- apply any parallel changes to DM likelihood (discussed in #185 and #219)
- modify r4ss to work with models that use MV Tweedie
- 主要语言
- C++
- 星标
- 46
- 派生
- 20
- 平均合并
- 2 天 6 小时
- 30 天内合并 PR
- 1
环境准备
在浏览器里用你自己的 GitHub 账号启动这个项目的开发容器。
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
nmfs-ost/ss3-source-code 的其他 Issue
-
[Bug]: non-integer `Lbin_lo`/`Lbin_hi` are silently truncated under `Lbin_method = 1`, while method 3 raises a fatal error for the equivalent mistake可能已有人在做 @Rick-Methot-NOAA 于 18 天前认领。 未关闭
nmfs-ost/ss3-source-code#784 · 已指派 1 人 ·
-
need warning and improved logic for generalized sizecomp可能重新可做 @Rick-Methot-NOAA 于 253 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭composition in progress
nmfs-ost/ss3-source-code#751 · 1 条评论 · 已指派 1 人 ·
-
[Feature]: Add standard errors for area-specific quantities可能重新可做 @Rick-Methot-NOAA 于 391 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭area & movement
nmfs-ost/ss3-source-code#731 · 3 条评论 · 已指派 1 人 ·
-
[Feature]: Create a basic report list that could serve as better starting configuration for customization可能重新可做 @Rick-Methot-NOAA 于 398 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭misc. output
nmfs-ost/ss3-source-code#723 · 已指派 1 人 ·
-
[Feature]: restrict biology output using the use_morph(g) flag可能重新可做 @Rick-Methot-NOAA 于 420 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭biology misc. output ongoing
nmfs-ost/ss3-source-code#702 · 已指派 1 人 ·
查看 nmfs-ost/ss3-source-code 的全部 Issue
相似的 Issue
-
难度 1/5 1 小时以内 新手友好度 76/100
维护者通常 1 天内回复
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 76/100
维护者通常 1 天内回复
-
难度 1/5 1 小时以内 新手友好度 65/100
维护者通常 1 天内回复
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 77/100
ros-navigation/navigation2#6648 · 1 条评论 ·
维护者通常 1 天内回复
-
[BUG] OTA Requestor accepts reserved provider endpoint 0xFFFF可能已有人在做 @Chapoly1305 今天认领。 未关闭
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 72/100
project-chip/connectedhomeip#74742 ·
维护者通常 1 天内回复