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GLLVM.jl
Julia implementation of the Gaussian + phylogenetic Generalised Linear Latent Variable Model

Julia · 1 个 star

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Native fit_gllvm(Normal()) on uncentred data reports converged = true 2712 logLik units below the centred fit (psych::bfi 1000 × 25); gllvmTMB and the bridge are fine
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- 哪里不对？
bot-test

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

itchyshin/GLLVM.jl#577 · 3 条评论 · 2026年9月28日创建
fit_tweedie_gllvm_grouped runs >10 min on a 21 × 24 cover matrix (vegan::varespec, K = 2); time goes into the Tweedie series density (logW); gllvmTMB: 67 s
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- 哪里不对？
bot-test

难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

itchyshin/GLLVM.jl#575 · 1 条评论 · 2026年9月28日创建
fit_ordinal_gllvm_pertrait (LogitLink) reports converged = true 40 logLik units below gllvmTMB ordinal_logit on psych::bfi; probit matches to 1e-9
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- 哪里不对？
bot-test

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

itchyshin/GLLVM.jl#574 · 1 条评论 · 2026年9月28日创建
fit_zip_gllvm / fit_zinb_gllvm stall ~40 logLik units below the nested Poisson / NB2 optimum on mvabund::spider (converged = false even at iterations = 3000)
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bot-test

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

itchyshin/GLLVM.jl#573 · 1 条评论 · 2026年9月28日创建
[capability] NBGroupedFit / NBGroupedCovFit have no predict, fitted, residuals (Dunn-Smyth) or getResidualCor methods
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bot-test

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

itchyshin/GLLVM.jl#555 · 1 条评论 · 2026年9月27日创建
Convergence check reports converged = false at the optimum (Poisson K = 2 and NB2 K = 1 on spider; logLik equals gllvmTMB to 1e-7)
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bot-test

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

itchyshin/GLLVM.jl#554 · 1 条评论 · 2026年9月27日创建
NB2 grouped fits report converged = true far below the optimum (K = 0 spider: 27.5 logLik units; K = 2 grouped_cov: up to 228)
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bot-test

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

itchyshin/GLLVM.jl#553 · 3 条评论 · 2026年9月27日创建
Bridge NB2 + covariates: dispersion hits r_group boundary, then default Wald CI (_fd_hessian) runs >20 min (tmb: 2.8 s)
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bot-test

难度 4/5 3-5 天新手友好度 67/100

itchyshin/GLLVM.jl#552 · 2 条评论 · 2026年9月27日创建
BetaBinomial bootstrap refits ignore the fit's converged flag (part of #504)
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难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

itchyshin/GLLVM.jl#542 · 2026年9月27日创建
[docs-followability] Docs nav 'Traits and repeated outcomes' opens a non-runnable reference tour that needs an uninstalled package
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bot-test documentation

难度 3/5 1-2 天新手友好度 74/100

itchyshin/GLLVM.jl#538 · 2026年9月27日创建
[docs-followability] README opens with internal development status and jargon before explaining what the package is
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- 哪里不对？
bot-test documentation

难度 2/5 半天新手友好度 78/100

itchyshin/GLLVM.jl#537 · 2026年9月27日创建
[docs-followability] README Quick start errors on first run: fields and methods it uses do not exist on the fit it creates
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- 哪里不对？
bot-test documentation

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 84/100

itchyshin/GLLVM.jl#536 · 2026年9月27日创建
Remaining #485 class: fitters that trust Optim.converged after a zero-length step (per-family verdicts)
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- 哪里不对？
bot-test-preexisting

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

itchyshin/GLLVM.jl#505 · 2026年9月26日创建
`confint_family.jl`'s bootstrap and profile-refit helpers accept a non-converged replicate as valid
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- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

itchyshin/GLLVM.jl#504 · 2026年9月26日创建
Track remaining families with an undamped per-site Laplace mode search (post #479/#480/#486/#484 pattern)
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bot-test-preexisting

难度 5/5 一周以上新手友好度 42/100

itchyshin/GLLVM.jl#503 · 6 条评论 · 2026年9月26日创建
Truncated-NB2 per-trait fitter stalls at an inferior interior optimum while reporting converged (mirror of #477)
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- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

itchyshin/GLLVM.jl#499 · 2026年9月26日创建
Binomial quasi-separation: engines flag it differently; Julia has no runaway-loading diagnostic
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bot-test-preexisting

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

itchyshin/GLLVM.jl#498 · 2026年9月26日创建
Beta grouped inner mode search can oscillate silently, leaving cliffs in the objective
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- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#482 · 2026年9月25日创建
NB2 per-trait dispersion: the Laplace likelihood has several maxima on small data (residual after #478)
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- 哪里不对？
bot-test-preexisting

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

itchyshin/GLLVM.jl#477 · 2 条评论 · 2026年9月24日创建
NATIVE-06 NB2 parity fixture: 2 of 5 traits sit at the Poisson boundary on both engines, so the cell cannot pass
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- 哪里不对？
bot-test-preexisting

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

itchyshin/GLLVM.jl#476 · 2026年9月24日创建
perf(deferred): sparse assembly / MME Factor build profiling (next real perf track)
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- 哪里不对？
benchmarks engine enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

itchyshin/GLLVM.jl#468 · 1 条评论 · 2026年9月24日创建
research(deferred): non-Gaussian phylo Laplace / selected-inverse path
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- 哪里不对？
engine enhancement experiment

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

itchyshin/GLLVM.jl#467 · 1 条评论 · 2026年9月24日创建
docs(deferred): structure-dependent selected-inverse winner table (KEEP-OURS vs SI)
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- 哪里不对？
benchmarks documentation enhancement

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#466 · 2026年9月24日创建
evaluate Latte.jl (INLA / TMB-style Laplace / HMC-Laplace on one model) and GaussianMarkovRandomFields.jl as borrow source or backend
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- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

itchyshin/GLLVM.jl#427 · 1 条评论 · 2026年9月18日创建
[roadmap] Track inference evidence, Julia compatibility, and the R-to-Julia reader journey
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- 哪里不对？
cross-pollination documentation infrastructure roadmap

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

itchyshin/GLLVM.jl#302 · 2026年9月6日创建
Add comparator_targets.toml fixture handoff index (pattern from HSquared.jl)
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- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#276 · 2026年9月1日创建
Seeded RNG in CI is not stable across Julia versions (cross-repo finding from HSquared.jl)
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- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

itchyshin/GLLVM.jl#182 · 2026年8月4日创建
Plotting: ship a prepare-data + Makie-extension plotting layer (adopt the HSquared.jl pattern)
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- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

itchyshin/GLLVM.jl#168 · 1 条评论 · 2026年7月4日创建
Feasibility idea: matrix-free + Hutchinson stochastic-trace REML for very large datasets
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- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

itchyshin/GLLVM.jl#167 · 2026年7月3日创建
[cleanup] Edge wrapper builds dense O(p^2) Σ_phy before validating loadings
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- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 85/100

itchyshin/GLLVM.jl#162 · 2026年7月2日创建
[cleanup] em_fa init comment claims it breaks rotational symmetry, but the unconstrained M-step immediately destroys the triangular structure
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- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

itchyshin/GLLVM.jl#161 · 2026年7月2日创建
[convention] size(F, i) throws BoundsError for i > 2 instead of returning 1
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- 哪里不对？
难度 1/5 1-3 小时新手友好度 85/100

itchyshin/GLLVM.jl#159 · 2026年7月2日创建
[convention] Homogeneous no-loadings branch diverges from dense path despite 'numerically identical' docstring
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- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

itchyshin/GLLVM.jl#158 · 2026年7月2日创建
[convention] Julia couples the two diagonal tiers under one has_diag flag; C++ toggles them independently
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

itchyshin/GLLVM.jl#157 · 2026年7月2日创建
[convention] bootstrap_ci reports SD parameters on the log scale under raw-scale term names
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- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 76/100

itchyshin/GLLVM.jl#156 · 2026年7月2日创建
[robustness] GLLVM.jl binary-tree validation is a global node count that a non-binary topology can pass
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- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 72/100

itchyshin/GLLVM.jl#153 · 2026年7月2日创建
[robustness] _fitted_mean silently returns zeros when X is omitted for an X-trained fit
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 75/100

itchyshin/GLLVM.jl#152 · 2026年7月2日创建
[robustness] low_rank_chol does not validate d > 0; zero/negative diagonal fails opaquely
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 84/100

itchyshin/GLLVM.jl#151 · 2026年7月2日创建
[robustness] Missing size(Λ_B,1)==p check enables @inbounds OOB write in phylo path
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- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 76/100

itchyshin/GLLVM.jl#150 · 2026年7月2日创建
[robustness] Julia hard-requires n_sites >= p; C++ Laplace engine has no such restriction
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- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

itchyshin/GLLVM.jl#149 · 1 条评论 · 2026年7月2日创建
[robustness] Beta density has no boundary guard in Julia; R clamps y away from 0 and 1
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难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#147 · 1 条评论 · 2026年7月2日创建
[robustness] Premature-stop fallback can return the known-suboptimal SQUAREM point
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难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#146 · 2026年7月2日创建
[robustness] em_fa default initialisation uses the global RNG, so results are non-reproducible
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- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 78/100

itchyshin/GLLVM.jl#145 · 2026年7月2日创建
[robustness] Transformed-Wald covariance treats any invertible Hessian as positive-definite
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- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 74/100

itchyshin/GLLVM.jl#143 · 2026年7月2日创建
[robustness] R clamps derived-quantity CIs to natural boundaries; Julia returns NaN on a flat profile
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难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

itchyshin/GLLVM.jl#142 · 1 条评论 · 2026年7月2日创建
[robustness] correlation() divides by zero for a degenerate-variance trait
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难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#141 · 2026年7月2日创建
[robustness] Bootstrap percentile CIs include non-converged refits
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难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#140 · 2026年7月2日创建
[robustness] bridge_fit `d::Integer` rejects R-side doubles despite defensive Int(d)
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难度 2/5 1-3 小时新手友好度 76/100

itchyshin/GLLVM.jl#139 · 2026年7月2日创建
[robustness] _bridge_scores swallows all exceptions and reports success with empty scores
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难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

itchyshin/GLLVM.jl#138 · 2026年7月2日创建
[correctness] Julia derived-profile refit never verifies the constraint g(theta)=c was met; R rejects refits off by >0.05
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- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 62/100

itchyshin/GLLVM.jl#137 · 1 条评论 · 2026年7月2日创建

itchyshin

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