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• Beta grouped inner mode search can oscillate silently, leaving cliffs in the objective

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

  itchyshin/GLLVM.jl#482 · Aperta il 25/9/2026

• Beta grouped fit reports converged = true at a non-stationary point (zero-length line-search step)

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

  itchyshin/GLLVM.jl#480 · Aperta il 25/9/2026

• Gamma grouped fit: inner mode search can diverge at the start; fit reports converged 43 units below the optimum

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  itchyshin/GLLVM.jl#479 · Aperta il 25/9/2026

• NB2 per-trait dispersion fit can stall with a trait at the Poisson boundary, below the optimum

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  itchyshin/GLLVM.jl#477 · 1 commento · Aperta il 24/9/2026

• NATIVE-06 NB2 parity fixture: 2 of 5 traits sit at the Poisson boundary on both engines, so the cell cannot pass

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

  itchyshin/GLLVM.jl#476 · Aperta il 24/9/2026

• perf(deferred): sparse assembly / MME Factor build profiling (next real perf track)

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  benchmarks engine enhancement

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  itchyshin/GLLVM.jl#468 · 1 commento · Aperta il 24/9/2026

• research(deferred): non-Gaussian phylo Laplace / selected-inverse path

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  engine enhancement experiment

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  itchyshin/GLLVM.jl#467 · 1 commento · Aperta il 24/9/2026

• docs(deferred): structure-dependent selected-inverse winner table (KEEP-OURS vs SI)

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  benchmarks documentation enhancement

  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100

  itchyshin/GLLVM.jl#466 · Aperta il 24/9/2026

• evaluate Latte.jl (INLA / TMB-style Laplace / HMC-Laplace on one model) and GaussianMarkovRandomFields.jl as borrow source or backend

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  itchyshin/GLLVM.jl#427 · 1 commento · Aperta il 18/9/2026

• CI: Julia 1 shard 1/4 fails at test/test_cv.jl:145 (Beta CV predictions not strictly in (0,1)) — red on main since c7b5db74

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  itchyshin/GLLVM.jl#317 · Aperta il 13/9/2026

• [roadmap] Track inference evidence, Julia compatibility, and the R-to-Julia reader journey

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  cross-pollination documentation infrastructure roadmap

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

  itchyshin/GLLVM.jl#302 · Aperta il 6/9/2026

• Add comparator_targets.toml fixture handoff index (pattern from HSquared.jl)

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

  itchyshin/GLLVM.jl#276 · Aperta il 1/9/2026

• Seeded RNG in CI is not stable across Julia versions (cross-repo finding from HSquared.jl)

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  itchyshin/GLLVM.jl#182 · Aperta il 4/8/2026

• Plotting: ship a prepare-data + Makie-extension plotting layer (adopt the HSquared.jl pattern)

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  itchyshin/GLLVM.jl#168 · 1 commento · Aperta il 4/7/2026

• Feasibility idea: matrix-free + Hutchinson stochastic-trace REML for very large datasets

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  itchyshin/GLLVM.jl#167 · Aperta il 3/7/2026

• [cleanup] node_grad recomputes the selected inverse and Woodbury pieces twice

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

  itchyshin/GLLVM.jl#163 · Aperta il 2/7/2026

• [cleanup] Edge wrapper builds dense O(p^2) Σ_phy before validating loadings

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  Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 85/100

  itchyshin/GLLVM.jl#162 · Aperta il 2/7/2026

• [cleanup] em_fa init comment claims it breaks rotational symmetry, but the unconstrained M-step immediately destroys the triangular structure

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

  itchyshin/GLLVM.jl#161 · Aperta il 2/7/2026

• [convention] size(F, i) throws BoundsError for i > 2 instead of returning 1

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  Difficoltà 1/5 1-3 ore Idoneità per principianti 85/100

  itchyshin/GLLVM.jl#159 · Aperta il 2/7/2026

• [convention] Homogeneous no-loadings branch diverges from dense path despite 'numerically identical' docstring

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  itchyshin/GLLVM.jl#158 · Aperta il 2/7/2026

• [convention] Julia couples the two diagonal tiers under one has_diag flag; C++ toggles them independently

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  itchyshin/GLLVM.jl#157 · Aperta il 2/7/2026

• [convention] bootstrap_ci reports SD parameters on the log scale under raw-scale term names

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  itchyshin/GLLVM.jl#156 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] GLLVM.jl binary-tree validation is a global node count that a non-binary topology can pass

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  itchyshin/GLLVM.jl#153 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] _fitted_mean silently returns zeros when X is omitted for an X-trained fit

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  itchyshin/GLLVM.jl#152 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] low_rank_chol does not validate d > 0; zero/negative diagonal fails opaquely

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  itchyshin/GLLVM.jl#151 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] Missing size(Λ_B,1)==p check enables @inbounds OOB write in phylo path

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  itchyshin/GLLVM.jl#150 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] Julia hard-requires n_sites >= p; C++ Laplace engine has no such restriction

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  itchyshin/GLLVM.jl#149 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] Beta precision granularity differs: per-trait phi vector (R) vs single global phi (Julia)

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  itchyshin/GLLVM.jl#148 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] Beta density has no boundary guard in Julia; R clamps y away from 0 and 1

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  itchyshin/GLLVM.jl#147 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] Premature-stop fallback can return the known-suboptimal SQUAREM point

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  itchyshin/GLLVM.jl#146 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] em_fa default initialisation uses the global RNG, so results are non-reproducible

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  itchyshin/GLLVM.jl#145 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] Transformed-Wald covariance treats any invertible Hessian as positive-definite

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  itchyshin/GLLVM.jl#143 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] R clamps derived-quantity CIs to natural boundaries; Julia returns NaN on a flat profile

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  itchyshin/GLLVM.jl#142 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] correlation() divides by zero for a degenerate-variance trait

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  itchyshin/GLLVM.jl#141 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] Bootstrap percentile CIs include non-converged refits

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  itchyshin/GLLVM.jl#140 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] bridge_fit `d::Integer` rejects R-side doubles despite defensive Int(d)

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  itchyshin/GLLVM.jl#139 · Aperta il 2/7/2026

• [robustness] _bridge_scores swallows all exceptions and reports success with empty scores

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  itchyshin/GLLVM.jl#138 · Aperta il 2/7/2026

• [correctness] Julia derived-profile refit never verifies the constraint g(theta)=c was met; R rejects refits off by >0.05

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  itchyshin/GLLVM.jl#137 · Aperta il 2/7/2026

• [correctness] phylo_unique SD uses a signed identity link in Julia vs a positive log link in C++

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  itchyshin/GLLVM.jl#136 · Aperta il 2/7/2026

• [correctness] W-tier reduced-rank term drops cross-trait covariance in Julia but not in C++

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  itchyshin/GLLVM.jl#135 · Aperta il 2/7/2026

• [correctness] Dead guard: phylo loadings silently ignored when Σ_phy omitted

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  itchyshin/GLLVM.jl#134 · Aperta il 2/7/2026

• [correctness] Ordinal location parameterization differs: per-trait intercept + K-2 cutpoints (R) vs shared cutpoints + no intercept (Julia)

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  itchyshin/GLLVM.jl#133 · Aperta il 2/7/2026

• [correctness] Communality/correlation total-variance denominator differs: Julia full Sigma_y_site vs R tier-local shared+Psi

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  itchyshin/GLLVM.jl#131 · Aperta il 2/7/2026

• [bug] Julia Wald and profile CIs disagree on sigma_phy scale (identity vs log); R uses log-SD in both

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  itchyshin/GLLVM.jl#129 · Aperta il 2/7/2026

• [speed] Structured Schur / structured Poisson prototype from #94 archive

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  benchmarks engine experiment

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  itchyshin/GLLVM.jl#110 · Aperta il 20/6/2026

• [diagnostics] Unified check_fit diagnostics, calibration, and plots

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  documentation engine enhancement

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  itchyshin/GLLVM.jl#109 · Aperta il 20/6/2026

• [inference] ANOVA/LRT model-comparison API with boundary-safe wording

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  documentation engine enhancement

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  itchyshin/GLLVM.jl#108 · Aperta il 20/6/2026

• [coordination] Per-response-column family dispatch — companion to DRM.jl #280

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  itchyshin/GLLVM.jl#98 · 1 commento · Aperta il 13/6/2026