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GLLVM.jl
Julia implementation of the Gaussian + phylogenetic Generalised Linear Latent Variable Model

Julia · スター 1 個

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誰かが対応中かもしれないイシューは最後に並べています。すべて日付順に表示

Covariate kernel _laplace_mode_off stops silently; fit_gllvm_cov throws DomainError on Gamma data
オープン
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難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

itchyshin/GLLVM.jl#486 · 2026年9月25日に作成
_fit_verdict reports converged = true on a zero-length step (x or f convergence with zero tolerances)
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

itchyshin/GLLVM.jl#485 · 2026年9月25日に作成
Two-part families: per-site mode search stops silently and returns a finite wrong value (ZIP/ZINB/ZIB, hurdle, delta)
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

itchyshin/GLLVM.jl#484 · 2026年9月25日に作成
Beta grouped inner mode search can oscillate silently, leaving cliffs in the objective
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#482 · 2026年9月25日に作成
NB2 per-trait dispersion: the Laplace likelihood has several maxima on small data (residual after #478)
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

itchyshin/GLLVM.jl#477 · コメント 2 件 · 2026年9月24日に作成
NATIVE-06 NB2 parity fixture: 2 of 5 traits sit at the Poisson boundary on both engines, so the cell cannot pass
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

itchyshin/GLLVM.jl#476 · 2026年9月24日に作成
perf(deferred): sparse assembly / MME Factor build profiling (next real perf track)
オープン
- 何か問題がありますか？
benchmarks engine enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

itchyshin/GLLVM.jl#468 · コメント 1 件 · 2026年9月24日に作成
research(deferred): non-Gaussian phylo Laplace / selected-inverse path
オープン
- 何か問題がありますか？
engine enhancement experiment

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

itchyshin/GLLVM.jl#467 · コメント 1 件 · 2026年9月24日に作成
docs(deferred): structure-dependent selected-inverse winner table (KEEP-OURS vs SI)
オープン
- 何か問題がありますか？
benchmarks documentation enhancement

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#466 · 2026年9月24日に作成
evaluate Latte.jl (INLA / TMB-style Laplace / HMC-Laplace on one model) and GaussianMarkovRandomFields.jl as borrow source or backend
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

itchyshin/GLLVM.jl#427 · コメント 1 件 · 2026年9月18日に作成
[roadmap] Track inference evidence, Julia compatibility, and the R-to-Julia reader journey
オープン
- 何か問題がありますか？
cross-pollination documentation infrastructure roadmap

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

itchyshin/GLLVM.jl#302 · 2026年9月6日に作成
Add comparator_targets.toml fixture handoff index (pattern from HSquared.jl)
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#276 · 2026年9月1日に作成
Seeded RNG in CI is not stable across Julia versions (cross-repo finding from HSquared.jl)
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

itchyshin/GLLVM.jl#182 · 2026年8月4日に作成
Plotting: ship a prepare-data + Makie-extension plotting layer (adopt the HSquared.jl pattern)
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

itchyshin/GLLVM.jl#168 · コメント 1 件 · 2026年7月4日に作成
Feasibility idea: matrix-free + Hutchinson stochastic-trace REML for very large datasets
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

itchyshin/GLLVM.jl#167 · 2026年7月3日に作成
[cleanup] Edge wrapper builds dense O(p^2) Σ_phy before validating loadings
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 1/5 1時間未満初心者へのやさしさ 85/100

itchyshin/GLLVM.jl#162 · 2026年7月2日に作成
[cleanup] em_fa init comment claims it breaks rotational symmetry, but the unconstrained M-step immediately destroys the triangular structure
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 52/100

itchyshin/GLLVM.jl#161 · 2026年7月2日に作成
[convention] size(F, i) throws BoundsError for i > 2 instead of returning 1
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 1/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 85/100

itchyshin/GLLVM.jl#159 · 2026年7月2日に作成
[convention] Homogeneous no-loadings branch diverges from dense path despite 'numerically identical' docstring
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

itchyshin/GLLVM.jl#158 · 2026年7月2日に作成
[convention] Julia couples the two diagonal tiers under one has_diag flag; C++ toggles them independently
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

itchyshin/GLLVM.jl#157 · 2026年7月2日に作成
[convention] bootstrap_ci reports SD parameters on the log scale under raw-scale term names
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 76/100

itchyshin/GLLVM.jl#156 · 2026年7月2日に作成
[robustness] GLLVM.jl binary-tree validation is a global node count that a non-binary topology can pass
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

itchyshin/GLLVM.jl#153 · 2026年7月2日に作成
[robustness] _fitted_mean silently returns zeros when X is omitted for an X-trained fit
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 75/100

itchyshin/GLLVM.jl#152 · 2026年7月2日に作成
[robustness] low_rank_chol does not validate d > 0; zero/negative diagonal fails opaquely
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 84/100

itchyshin/GLLVM.jl#151 · 2026年7月2日に作成
[robustness] Missing size(Λ_B,1)==p check enables @inbounds OOB write in phylo path
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 76/100

itchyshin/GLLVM.jl#150 · 2026年7月2日に作成
[robustness] Julia hard-requires n_sites >= p; C++ Laplace engine has no such restriction
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

itchyshin/GLLVM.jl#149 · コメント 1 件 · 2026年7月2日に作成
[robustness] Beta density has no boundary guard in Julia; R clamps y away from 0 and 1
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#147 · コメント 1 件 · 2026年7月2日に作成
[robustness] Premature-stop fallback can return the known-suboptimal SQUAREM point
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#146 · 2026年7月2日に作成
[robustness] em_fa default initialisation uses the global RNG, so results are non-reproducible
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 78/100

itchyshin/GLLVM.jl#145 · 2026年7月2日に作成
[robustness] Transformed-Wald covariance treats any invertible Hessian as positive-definite
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 74/100

itchyshin/GLLVM.jl#143 · 2026年7月2日に作成
[robustness] R clamps derived-quantity CIs to natural boundaries; Julia returns NaN on a flat profile
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

itchyshin/GLLVM.jl#142 · コメント 1 件 · 2026年7月2日に作成
[robustness] correlation() divides by zero for a degenerate-variance trait
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#141 · 2026年7月2日に作成
[robustness] Bootstrap percentile CIs include non-converged refits
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

itchyshin/GLLVM.jl#140 · 2026年7月2日に作成
[robustness] bridge_fit `d::Integer` rejects R-side doubles despite defensive Int(d)
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 76/100

itchyshin/GLLVM.jl#139 · 2026年7月2日に作成
[robustness] _bridge_scores swallows all exceptions and reports success with empty scores
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

itchyshin/GLLVM.jl#138 · 2026年7月2日に作成
[correctness] Julia derived-profile refit never verifies the constraint g(theta)=c was met; R rejects refits off by >0.05
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 62/100

itchyshin/GLLVM.jl#137 · コメント 1 件 · 2026年7月2日に作成
[correctness] phylo_unique SD uses a signed identity link in Julia vs a positive log link in C++
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

itchyshin/GLLVM.jl#136 · コメント 1 件 · 2026年7月2日に作成
[correctness] W-tier reduced-rank term drops cross-trait covariance in Julia but not in C++
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

itchyshin/GLLVM.jl#135 · コメント 1 件 · 2026年7月2日に作成
[correctness] Dead guard: phylo loadings silently ignored when Σ_phy omitted
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 78/100

itchyshin/GLLVM.jl#134 · コメント 1 件 · 2026年7月2日に作成
[correctness] Ordinal location parameterization differs: per-trait intercept + K-2 cutpoints (R) vs shared cutpoints + no intercept (Julia)
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 38/100

itchyshin/GLLVM.jl#133 · 2026年7月2日に作成
[correctness] Communality/correlation total-variance denominator differs: Julia full Sigma_y_site vs R tier-local shared+Psi
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

itchyshin/GLLVM.jl#131 · 2026年7月2日に作成
[bug] Julia Wald and profile CIs disagree on sigma_phy scale (identity vs log); R uses log-SD in both
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

itchyshin/GLLVM.jl#129 · 2026年7月2日に作成
[speed] Structured Schur / structured Poisson prototype from #94 archive
オープン
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benchmarks engine experiment

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

itchyshin/GLLVM.jl#110 · 2026年6月20日に作成
[diagnostics] Unified check_fit diagnostics, calibration, and plots
オープン
- 何か問題がありますか？
documentation engine enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

itchyshin/GLLVM.jl#109 · 2026年6月20日に作成
[inference] ANOVA/LRT model-comparison API with boundary-safe wording
オープン
- 何か問題がありますか？
documentation engine enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

itchyshin/GLLVM.jl#108 · 2026年6月20日に作成
[coordination] Per-response-column family dispatch — companion to DRM.jl #280
オープン
- 何か問題がありますか？
難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

itchyshin/GLLVM.jl#98 · コメント 1 件 · 2026年6月13日に作成
[speed] Borrow DRM.jl REML restricted-objective term for the Gaussian path (gated on the maintainer hold)
オープン
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難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

itchyshin/GLLVM.jl#97 · コメント 2 件 · 2026年6月13日に作成
Runtime-needed levers: analytic Laplace-marginal gradient + non-Gaussian benchmarking (Codex/Julia handoff)
オープン
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enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 28/100

itchyshin/GLLVM.jl#65 · コメント 4 件 · 2026年6月5日に作成
Share the SPDE / Matérn-GMRF spatial module with DRM.jl
オープン
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enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 38/100

itchyshin/GLLVM.jl#62 · コメント 3 件 · 2026年6月4日に作成
handoff: profile and harden large phylogenetic Poisson implicit-gradient route
オープン
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難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

itchyshin/GLLVM.jl#61 · コメント 3 件 · 2026年6月3日に作成

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