Feature to automate handling of replicate data
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@dilpath 已經在處理了。
開始於 2024年10月8日。
評估
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描述
Hi all!
I am wondering about a specific detail of setting up a parameter estimation problem and how it could be automated with petab. It is about how to make use of replicate data in the parameter estimation problem.
If replicates are available, I could think of at least 2 distinct scenarios of how to deal with this data:
-
Use individual replicates to calculate their mean and standard error of the mean, at each time point. And then use those as the data points and time point specific noise parameter values of the error model, respectively, when evaluating the objective function for parameter estimation.
-
Calculate the standard deviation of the individual replicates (for each time point) and use it as an error model parameter while using the individual replicates as individual data points when evaluating the objective function.
It would be great if petab could provide a feature to do this and choose between the different options.
I discussed this a bit with Dilan already and he asked me to assign him to the issue, but I don’t know how to do this. 😊
Thanks, everyone!
- 主要語言
- Python
- 星號
- 18
- 分支
- 9
- 平均合併
- 1 天 21 小時
- 30 天內合併 PR
- 25
環境準備
- 沒有 Dockerfile 或 Docker Compose 檔案
- 沒有 Pull Request 範本
- 閱讀貢獻指南
從這裡開始
- 先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
- 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
- Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
- 送出 Pull Request，並在描述裡引用這個 Issue 編號。
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