Inconsistency between metabolites and predicted scores in ibuprofen
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评估
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 新手友好度
- 25/100
- Issue 类型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
调研方向
首先比较 ibu_augoustos.txt 与 ibu_met_augoustos.csv，并使用 Extract_score_of_metabolites.txt、space_copy.txt 和 transpose_copy.txt 重现提取过程。确定缺失的 scores 是源于工具输出还是所提供的脚本；完成的标准是确定原因，并记录或修正列出的两种代谢物的差异。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Thank you for providing this tool to predict metabolites.
I am trying to extract the unique metabolites of ibuprofen together with the respected predicted scores. For this reason, I created a set of scripts called space.sh (to provide the scores and metabolites without spaces from "ibu_augoustos.txt"), and Extract_score_of_metabolites.py (this create a file like "ibuprofen_metabolites.csv" that reports the unique metabolites of ibuprofen (taken from "ibu_met_augoustos.csv") and extracts their scores from "ibu_augoustos.txt".
However, in the "ibuprofen_metabolites.csv" you can find that two unique metabolites ("CC(C)c1ccc(C(C)C(=O)OC2OC@HC@@HC@H[C@H]2O)cc1" and "CC(C)c1ccc(C(C)C(=O)O[C@@H]2OC@HC@@HC@H[C@H]2O)cc1") did not present any score. I also searched to the initial produced files from the tool but I was not able to find these two. Can you kindly help me with this issue?
Thank you in advance for your time and support.
ibu_augoustos.txt
ibu_met_augoustos.csv
Extract_score_of_metabolites.txt
transpose_copy.txt
space_copy.txt
- 主要语言
- Python
- 星标
- 30
- 派生
- 5
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
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