Inconsistency between metabolites and predicted scores in ibuprofen
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 25/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
調査の方向性
まず ibu_augoustos.txt と ibu_met_augoustos.csv を比較し、Extract_score_of_metabolites.txt、space_copy.txt、transpose_copy.txt を使って抽出を再現します。不足しているスコアがツールの出力に起因するのか、提供されたスクリプトに起因するのかを特定します。完了条件は、原因を特定し、記載された2つの代謝物について不一致を文書化または修正することです。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Thank you for providing this tool to predict metabolites.
I am trying to extract the unique metabolites of ibuprofen together with the respected predicted scores. For this reason, I created a set of scripts called space.sh (to provide the scores and metabolites without spaces from "ibu_augoustos.txt"), and Extract_score_of_metabolites.py (this create a file like "ibuprofen_metabolites.csv" that reports the unique metabolites of ibuprofen (taken from "ibu_met_augoustos.csv") and extracts their scores from "ibu_augoustos.txt".
However, in the "ibuprofen_metabolites.csv" you can find that two unique metabolites ("CC(C)c1ccc(C(C)C(=O)OC2OC@HC@@HC@H[C@H]2O)cc1" and "CC(C)c1ccc(C(C)C(=O)O[C@@H]2OC@HC@@HC@H[C@H]2O)cc1") did not present any score. I also searched to the initial produced files from the tool but I was not able to find these two. Can you kindly help me with this issue?
Thank you in advance for your time and support.
ibu_augoustos.txt
ibu_met_augoustos.csv
Extract_score_of_metabolites.txt
transpose_copy.txt
space_copy.txt
- 主要言語
- Python
- スター
- 30
- フォーク
- 5
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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