Modality pixelsize_nm must be divisible by psf_voxel_nm
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评估
- 难度
- 3/5
- 预计耗时
- 1-2 天
- 新手友好度
- 48/100
调研方向
从 vLab4Mic-main notebook 开始，使用 update_modality("Confocal", 45, 170, 340) 重现该问题，然后将其与 voxel-size-15 示例进行比较。选择所有通道后，跟踪交互式采集预览的路径；当所报告的 modality 参数能够生成可工作的预览，或不兼容性得到明确处理时，即可完成。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Describe the bug
When changing modality parameters in vLab4Mic main notebook using myexperiment.update_modality(), the pixel size must be a value that is divisible by the psf voxel size, otherwise the acquisition preview does not load. Changing the psf voxel size to 1 does overcome this, but it takes too long to load even the acquisition preview to test this for full simulation.
To Reproduce
Steps to reproduce the behavior:
- Run Jupyter notebook vLab4Mic-main
- Load in structrue (e.g. 7R5K)
- Load in probe (e.g. NPC_Nup96_Cterminal_direct with defaults)
- Load in virtual sample paramters (e.g. 1 particle with no randomisation)
- Edit confocal modality using line:
my_experiment.update_modality("Confocal", 45, 170,340) - select confocal modality and update virtual microscope (toggle psf view should show: pixel size at 45 nm; lateral res at 170 nm; axial res at 340 nm; and depth of field at 1000 nm)
- Select acquisition parameters: confocal; select all chanels
- update acquisition parameters and select interactive acquisiont preview
- See error:
nothing shows up for the acquisition preview in this case.
Expected behavior
Expect to see a preview of the virtual sample with edited acquisition parameters at this stage.
Desktop (please complete the following information):
- OS: iOS
- Browser: Firefox
- Version: 145.0.2
Additional context
If you change the confocal modality voxel size parameter to a multiple of the pixel size, e.g. 15, replacing the code in step 5 with my_experiment.update_modality("Confocal", 45, 170,340,15), then a virtual sample preview will appear at step 9.
- 主要语言
- Python
- 星标
- 3
- 派生
- 1
- 平均合并
- 1 天 7 小时
- 30 天内合并 PR
- 13
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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