Modality pixelsize_nm must be divisible by psf_voxel_nm
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 48/100
調査の方向性
vLab4Mic-main notebook から始め、update_modality("Confocal", 45, 170, 340) で問題を再現してから、voxel-size-15 の例と比較します。すべてのチャンネルを選択した後のインタラクティブな取得プレビューの経路を追跡します。指定されたモダリティパラメータで動作するプレビューが生成されるか、互換性の問題が明示的に処理されれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Describe the bug
When changing modality parameters in vLab4Mic main notebook using myexperiment.update_modality(), the pixel size must be a value that is divisible by the psf voxel size, otherwise the acquisition preview does not load. Changing the psf voxel size to 1 does overcome this, but it takes too long to load even the acquisition preview to test this for full simulation.
To Reproduce
Steps to reproduce the behavior:
- Run Jupyter notebook vLab4Mic-main
- Load in structrue (e.g. 7R5K)
- Load in probe (e.g. NPC_Nup96_Cterminal_direct with defaults)
- Load in virtual sample paramters (e.g. 1 particle with no randomisation)
- Edit confocal modality using line:
my_experiment.update_modality("Confocal", 45, 170,340) - select confocal modality and update virtual microscope (toggle psf view should show: pixel size at 45 nm; lateral res at 170 nm; axial res at 340 nm; and depth of field at 1000 nm)
- Select acquisition parameters: confocal; select all chanels
- update acquisition parameters and select interactive acquisiont preview
- See error:
nothing shows up for the acquisition preview in this case.
Expected behavior
Expect to see a preview of the virtual sample with edited acquisition parameters at this stage.
Desktop (please complete the following information):
- OS: iOS
- Browser: Firefox
- Version: 145.0.2
Additional context
If you change the confocal modality voxel size parameter to a multiple of the pixel size, e.g. 15, replacing the code in step 5 with my_experiment.update_modality("Confocal", 45, 170,340,15), then a virtual sample preview will appear at step 9.
- 主要言語
- Python
- スター
- 3
- フォーク
- 1
- 平均マージ
- 1日 7時間
- マージ済み PR（30日）
- 13
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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