Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Modality pixelsize_nm must be divisible by psf_voxel_nm

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#96 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
48/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
jupyter-notebook, python
Lĩnh vực
backend

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu trong notebook vLab4Mic-main và tái hiện vấn đề bằng update_modality("Confocal", 45, 170, 340), sau đó so sánh với ví dụ voxel-size-15. Truy vết đường đi của phần xem trước thu nhận tương tác sau khi chọn tất cả các kênh; hoàn tất khi các tham số modality được nêu tạo ra phần xem trước hoạt động được hoặc tính không tương thích được xử lý một cách rõ ràng.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Describe the bug
When changing modality parameters in vLab4Mic main notebook using myexperiment.update_modality(), the pixel size must be a value that is divisible by the psf voxel size, otherwise the acquisition preview does not load. Changing the psf voxel size to 1 does overcome this, but it takes too long to load even the acquisition preview to test this for full simulation.

To Reproduce
Steps to reproduce the behavior:

  1. Run Jupyter notebook vLab4Mic-main
  2. Load in structrue (e.g. 7R5K)
  3. Load in probe (e.g. NPC_Nup96_Cterminal_direct with defaults)
  4. Load in virtual sample paramters (e.g. 1 particle with no randomisation)
  5. Edit confocal modality using line:
    my_experiment.update_modality("Confocal", 45, 170,340)
  6. select confocal modality and update virtual microscope (toggle psf view should show: pixel size at 45 nm; lateral res at 170 nm; axial res at 340 nm; and depth of field at 1000 nm)
  7. Select acquisition parameters: confocal; select all chanels
  8. update acquisition parameters and select interactive acquisiont preview
  9. See error:
    nothing shows up for the acquisition preview in this case.

Expected behavior
Expect to see a preview of the virtual sample with edited acquisition parameters at this stage.

Desktop (please complete the following information):

  • OS: iOS
  • Browser: Firefox
  • Version: 145.0.2

Additional context
If you change the confocal modality voxel size parameter to a multiple of the pixel size, e.g. 15, replacing the code in step 5 with my_experiment.update_modality("Confocal", 45, 170,340,15), then a virtual sample preview will appear at step 9.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
3
Fork
1
Merge trung bình
1 ngày 7 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
13

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của HenriquesLab/VLab4Mic

Tất cả issue của HenriquesLab/VLab4Mic

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.