BiocManager does not respect `dependencies = TRUE` when the non-Suggests packages have already been installed
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评估
调研方向
首先复现 issue 中所示的两个 BiocManager::install('phangorn') 调用，并将它们与 install.packages(..., dependencies = TRUE) 进行比较。跟踪 BiocManager::install 的入口点和依赖处理路径；当缺失的依赖项能够被安装且不会重新安装已经是最新版本的 phangorn 包时，即视为完成。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Reported via email
.libPaths(tempfile())
BiocManager::install('phangorn') # installs phangorn
So far so good, but
> BiocManager::install('phangorn', dependencies = TRUE)
Bioconductor version 3.17 (BiocManager 1.30.20), R Under development (unstable)
(2023-02-21 r83887)
Old packages: 'MASS', 'mgcv', 'survival'
Update all/some/none? [a/s/n]: n
Warning message:
package(s) not installed when version(s) same as or greater than current; use
`force = TRUE` to re-install: 'phangorn'
>
so the dependencies are not installed...
install.packages() says
> install.packages('phangorn', dependencies = TRUE, repos = "https://cran.r-project.org")
Installing package into ‘/private/var/folders/yn/gmsh_22s2c55v816r6d51fx1tnyl61/T/RtmpsjHQs2’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning: dependencies ‘Biostrings’, ‘seqLogo’ are not available
also installing the dependencies ‘htmlwidgets’, ‘bslib’, ...
It also re-installs 'phangorn', which is not desirable.
I guess a workaround is to follow the BiocManager advice, and install missing dependencies and re-install phangorn.
BiocManager::install('phangorn', dependencies = TRUE, force = TRUE)
> packageVersion('BiocManager')
[1] ‘1.30.20’
- 主要语言
- R
- 星标
- 76
- 派生
- 29
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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