Version map cannot be validated - not mapping to new bioconductor website
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评估
调研方向
在 R 4.3.0 中重现 BiocManager::install(version = "3.18") 的失败，并检查请求文档中记录的 config.yaml URL 的版本验证路径。将可访问的 new.bioconductor.org/config.yaml 位置与当前文档和验证行为进行比较；完成标准是版本验证能够针对预期的版本映射成功执行，并且相关安装路径已覆盖。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Submitting the basic installation command for Bioconductor:
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.18")
in R (version 4.3.0) returns the following error:
Error: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection? See #troubleshooting section in vignette
None of the suggested solutions I've found online (adjusting the proxy/firewall settings, ensuring internet connection, etc) have helped.
The documentation suggests that the version map can be found at https://bioconductor.org/config.yaml which, as of today (11/13/2023), cannot be reached. There is a version map I can reach through the new bioconductor website at this link, though, https://new.bioconductor.org/config.yaml.
It seems like the version map cannot be validated because the bioconductor.org/config.yaml is a broken link, whereas the new.bioconductor.org/config.yaml would work. Can this be fixed?
- 主要语言
- R
- 星标
- 76
- 派生
- 29
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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