Problem with BiocManager connection to Internet under Windows: problem solved
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评估
- 难度
- 5/5
- 预计耗时
- 一周以上
- 新手友好度
- 18/100
- Issue 类型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- r
调研方向
Issue 将 .Renviron 和 .Rprofile 列为所报告 workaround 的位置；首先检查示例中展示的 Windows 连接行为。Issue 未指定所请求的代码或文档更改，因此 maintainer 必须确定应记录该 workaround，还是修复该故障。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
For all, whom it may concern - I found the solution what to do, if your R is writing something like:
> BiocManager::install(version="3.14")
Error: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?
In addition: Warning messages:
1: In file(con, "r") :
InternetOpenUrl failed: 'A connection with the server could not be established'
2: In file(con, "r") :
InternetOpenUrl failed: 'A connection with the server could not be established'
or (to check Internet connectivity):
> config <- "https://bioconductor.org/config.yaml"
> readLines(config)
Error in file(con, "r") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(con, "r") :
InternetOpenUrl failed: 'A connection with the server could not be established'
whereas install.packages working correctly. The solution is:
- Put to your .Renviron string
CURL_SSL_BACKEND=openssl
- Put to your .Rprofile string
options(download.file.method="libcurl", url.method="libcurl")
and restart R.
All should be working now!
- 主要语言
- R
- 星标
- 76
- 派生
- 29
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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