biojulep: iterators or fold for structures

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评估

难度
5/5
预计耗时
一周以上
新手友好度
25/100
Issue 类型
功能
描述清晰度
需要澄清
活跃度
停滞
技术栈
julia

调研方向

首先阅读现有的 collectresidues 和 collectatoms 实用工具。将提议的 EachResidue/EachAtom 迭代器接口与 Transducers.jl 的 foldxl 方法进行比较,然后确定哪种设计最能支持在不分配存储空间的情况下进行遍历,同时保留当前的集合实用工具。

由索引模型根据 Issue 内容生成。

描述

This package has utilities like collectresidues and collectatoms. Because this allocates storage, it might be of interest to implement an alternative. I see two main options:

  • an iterator interface, e.g., EachResidue(struc) or EachAtom(struc). collectresidues could then be implemented as collectresidues(struc) = collect(EachResidue(struc)) but one could also perform other forms of processing (for r in EachResidue(struc) ... end).
  • a transducers interface, where foldxl is the core operation.

I have less personal experience with the latter, so left to my own devices I'd probably be tempted to implement the iterator version. But collectresidues/collectatoms are currently probably special cases of foldxl so generalizing them would be perfectly viable too.

主要语言
Julia
星标
106
派生
28
平均合并
2 天 12 小时
30 天内合并 PR
1

环境准备

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