failing to read PDB files generated by VMD
还没有人认领这个 Issue。
评估
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 新手友好度
- 25/100
- Issue 类型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- julia
调研方向
使用附带的 vmd.pdb 文件和 Julia 调用 read("vmd.pdb", BioStructures.PDB) 重现该故障。跟踪拒绝重复 alternative-location ID 的 PDB 解析路径，然后验证此文件及类似的 VMD 生成的 PDB 文件都可以在不出现该错误的情况下读取。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
When trying to read this file (and other similar ones), I get:
julia> read("vmd.pdb", BioStructures.PDB)
ERROR: Two copies of the same atom have the same alternative location ID. Existing atom:
Atom N with serial 1, coordinates [-41.156, -40.019, 21.411]
New atom record to add:
AtomRecord N with serial 1501, coordinates [-42.523, -41.722, -19.881]
This is one example VMD pdb file.
- 主要语言
- Julia
- 星标
- 106
- 派生
- 28
- 平均合并
- 1 天 19 小时
- 30 天内合并 PR
- 1
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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