Hacktoberfest 2026：メンテナが10月に向けて印を付けた、オープンで初心者向けの issue。 Hacktoberfest の issue を見る

failing to read PDB files generated by VMD

オープン
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評価

難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
初心者へのやさしさ
25/100
issue の種類
バグ
明瞭さ
説明が足りない
活発さ
停滞
技術スタック
julia
領域
bioinformatics

調査の方向性

添付された vmd.pdb ファイルと Julia の呼び出し read("vmd.pdb", BioStructures.PDB) を使って失敗を再現します。重複した alternative-location ID を拒否する PDB パース経路を追跡し、その後、このファイルと同様の VMD 生成 PDB ファイルをそのエラーなしで読み込めることを確認します。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

When trying to read this file (and other similar ones), I get:

julia> read("vmd.pdb", BioStructures.PDB)
ERROR: Two copies of the same atom have the same alternative location ID. Existing atom:
Atom N with serial 1, coordinates [-41.156, -40.019, 21.411]
New atom record to add:
AtomRecord N with serial 1501, coordinates [-42.523, -41.722, -19.881]

This is one example VMD pdb file.

vmd.pdb.zip

主要言語
Julia
スター
106
フォーク
28
平均マージ
1日 19時間
マージ済み PR（30日）
1

環境構築

このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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