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🔥🐦🔥PHoeNIx: a platform agnostic pipeline for healthcare-associated and antimicrobial resistant pathogens

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CDC OpenViz is a library of React packages for data visualization.

TypeScript · 55 個 star
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Wastewater-informed COVID-19 forecasting models submitted to the COVID-19 Forecast Hub

R · 51 個 star
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Template repository with rules, practices, and privacy, license, records notices to help people use the CDCgov GitHub organization.

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ixa

Rust · 36 個 star
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An in-development R package and a Bayesian hierarchical model jointly fitting multiple "local" wastewater data streams and "global" case ...

R · 33 個 star
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IRMA (the Iterative Refinement Meta-Assembler) is a highly configurable and adaptive tool for virus genome assembly.

Perl · 29 個 star
PyRenew
Python package for multi-signal Bayesian renewal modeling with JAX and NumPyro.

Python · 29 個 star
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A repository run by the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) to collect forecasts of incident respiratory COVID-19 hospital a...

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MIRA: Portable, Interactive Application for High-Quality Influenza, SARS-CoV-2 and RSV Genome Assembly, Annotation, and Curation

Python · 25 個 star
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A FHIR client allowing public health agencies to query health care organizations directly or via a TEFCA QHIN

PLpgSQL · 18 個 star
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Models and infrastructure for routine forecasting of respiratory disease burden

Python · 17 個 star
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Rnssp R Markdown templates are custom-built, parameterized R Markdown templates with seamless integration to the Rnssp R package to enhan...

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DIBBS eCR Viewer

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The CDC’s Pandemic-Ready Interoperability Modernization Effort (PRIME) Java based FHIR conversion library

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CDC/CFA/Predict/Scenarios ODE Modeling Framework

Python · 13 個 star
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Rnssp Shiny Apps are custom-built applications with seamless integration to the Rnssp R package.

R · 12 個 star
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Remove VE_I from the sidebar
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- 哪裡不對？
難度 2/5 1-3 小時新手友好度 55/100

CDCgov/cfa-flu-simulator#101 · 2026年10月7日建立

維護者通常 5 天內回覆
Update metadata field
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

CDCgov/tidypolis#327 · 2026年10月7日建立
Compiler warnings
未關閉
- 哪裡不對？
難度 1/5 1 小時以內新手友好度 55/100

CDCgov/cfa-flu-simulator#100 · 2026年10月7日建立

維護者通常 5 天內回覆
Add latent infection class "MobilitySubpopulationInfections" for contact-mixing models
未關閉
- 哪裡不對？
model

難度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

CDCgov/PyRenew#901 · 10 則留言 · 2026年10月6日建立

維護者通常 3 天內回覆
Add a 'local-only' execution option
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 47/100

CDCgov/cfa-dagster#169 · 2026年10月5日建立
Parquet asset type?
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 35/100

CDCgov/cfa-arbor#57 · 2026年10月1日建立

維護者通常 2 天內回覆
Deprecate `{get|filter_to}_{shared|subset}_forecasts()` functions in favor of new scoringutils built-ins
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

CDCgov/forecasttools#270 · 2026年9月30日建立
Swap to `LowLevelParticleFilters` EnKF implementation
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

CDCgov/AlgebraicEpiModels#11 · 2026年9月30日建立

維護者通常 1 天內回覆
[TASK] Don't strip comments in production
未關閉
- 哪裡不對？
dibbs-ecr-refiner

難度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

CDCgov/dibbs-ecr-refiner#1851 · 2026年9月29日建立

維護者通常 1 天內回覆
Translate TTIQ inputs into more traditional epi indicators
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 25/100

CDCgov/cfa-flu-simulator#91 · 2026年9月29日建立

維護者通常 5 天內回覆
Clarify the community mitigation input matrix
未關閉
- 哪裡不對？
難度 2/5 1-3 小時新手友好度 68/100

CDCgov/cfa-flu-simulator#90 · 2026年9月29日建立

維護者通常 5 天內回覆
Proportion of deaths that were not hospitalized
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

CDCgov/cfa-flu-simulator#89 · 2026年9月29日建立

維護者通常 5 天內回覆
Clarify: no death without hospitalization
未關閉
- 哪裡不對？
難度 1/5 1 小時以內新手友好度 68/100

CDCgov/cfa-flu-simulator#88 · 2026年9月29日建立

維護者通常 5 天內回覆
Take in AVE complementary numbers, like time to treatment
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 35/100

CDCgov/cfa-flu-simulator#87 · 1 則留言 · 2026年9月29日建立

維護者通常 5 天內回覆
Add number of AV doses used as indicator/output
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 25/100

CDCgov/cfa-flu-simulator#86 · 2026年9月29日建立

維護者通常 5 天內回覆
Clarify: sympto & asympto infections are equally infectious
未關閉
- 哪裡不對？
難度 2/5 1-3 小時新手友好度 68/100

CDCgov/cfa-flu-simulator#84 · 2026年9月29日建立

維護者通常 5 天內回覆
Severities should all be sliders
未關閉
- 哪裡不對？
難度 2/5 1-3 小時新手友好度 68/100

CDCgov/cfa-flu-simulator#82 · 2026年9月29日建立

維護者通常 5 天內回覆
plz install wasm?
未關閉
- 哪裡不對？
難度 1/5 1 小時以內新手友好度 70/100

CDCgov/cfa-flu-simulator#81 · 2026年9月29日建立

維護者通常 5 天內回覆
Display Chief Complaint in the Viewer
未關閉
- 哪裡不對？
designs needed needs design review streamline eCR user request

難度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

CDCgov/dibbs-ecr-viewer#1782 · 2026年9月29日建立

維護者通常 1 天內回覆
Allow revision-only filter updates with zero appended observations
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 1-2 天新手友好度 72/100

CDCgov/AlgebraicEpiModels#10 · 2026年9月29日建立

維護者通常 1 天內回覆
Filter by Program Area
未關閉
- 哪裡不對？
feature streamline eCR user request

難度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

CDCgov/dibbs-ecr-viewer#1781 · 2026年9月28日建立

維護者通常 1 天內回覆
[WORKSTREAM] Codebase health & maintainability
未關閉
- 哪裡不對？
streamline eCR

難度 5/5 一週以上新手友好度 25/100

CDCgov/dibbs-ecr-viewer#1780 · 2026年9月28日建立

維護者通常 1 天內回覆
[WORKSTREAM] Product Features & Integrations
未關閉
- 哪裡不對？
streamline eCR

難度 5/5 一週以上新手友好度 20/100

CDCgov/dibbs-ecr-viewer#1779 · 2026年9月28日建立

維護者通常 1 天內回覆
Consider a more informative error when all extrema are `NA` in `extract_diagnostic_extrema()`
未關閉
- 哪裡不對？
難度 2/5 1-3 小時新手友好度 55/100

CDCgov/wastewater-informed-covid-forecasting#393 · 2026年9月27日建立

維護者通常 1 天內回覆
Consider moving run column addition to `combine_outputs` from postprocessing
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

CDCgov/wastewater-informed-covid-forecasting#392 · 2026年9月27日建立

維護者通常 1 天內回覆
Text edited after a matched inline element is not reported (`_node_updated` ignores `.tail`)
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 1-2 天新手友好度 86/100

CDCgov/dibbs-ecr-diff#139 · 2026年9月27日建立

維護者通常 3 天內回覆
bug: `monitor_tasks` loops indefinitely after timeout
未關閉
- 哪裡不對？
bug

難度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

CDCgov/cfa-cloudops#297 · 2026年9月27日建立

維護者通常 3 天內回覆
Allow callers to resolve and read exact catalog versions
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 45/100

CDCgov/cfa-stf-data#40 · 1 則留言 · 2026年9月26日建立

維護者通常 1 天內回覆
Add exact-version population resolution and read APIs
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 35/100

CDCgov/cfa-stf-data#39 · 2026年9月26日建立

維護者通常 1 天內回覆
Add a maintained, versioned US population dataset
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

CDCgov/cfa-dataops#180 · 2026年9月26日建立

維護者通常 1 天內回覆
migrate to v5 `epidatr` API
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

CDCgov/wastewater-informed-covid-forecasting#386 · 2026年9月26日建立

維護者通常 1 天內回覆
Migrate from zoltar to hubverse-format covidhub archive
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

CDCgov/wastewater-informed-covid-forecasting#385 · 2026年9月26日建立

維護者通常 1 天內回覆
Add public NSSP data
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 20/100

CDCgov/cfa-stf-data#38 · 2026年9月25日建立

維護者通常 1 天內回覆
MedicationStatement requires note to be an array
未關閉
- 哪裡不對？
🐛 bug FHIR conversion required

難度 2/5 1-3 小時新手友好度 88/100

CDCgov/dibbs-ecr-viewer#1778 · 2026年9月25日建立

維護者通常 1 天內回覆
MedicationRequest requires dosageInstructions.doseAndRate to be an array
未關閉
- 哪裡不對？
🐛 bug FHIR conversion required

難度 2/5 1-3 小時新手友好度 76/100

CDCgov/dibbs-ecr-viewer#1777 · 2026年9月25日建立

維護者通常 1 天內回覆
Demo posit workbench
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 15/100

CDCgov/tidypolis#326 · 1 則留言 · 2026年9月25日建立
Convert add/delete to update
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 35/100

CDCgov/dibbs-ecr-diff#137 · 2026年9月25日建立

維護者通常 3 天內回覆
Improve efficiency: separate version discovery from data access and reuse the result of discovery
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

CDCgov/cfa-dataops#179 · 2026年9月24日建立

維護者通常 1 天內回覆
[USER STORY] Added conditions show on top
未關閉
- 哪裡不對？
dibbs-ecr-refiner Ready to Estimate

難度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

CDCgov/dibbs-ecr-refiner#1838 · 2026年9月24日建立

維護者通常 1 天內回覆
Use nix build instead of docker build to create the isolated testing environment
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

CDCgov/cfa-vap-hm#34 · 2026年9月22日建立
Improve automation of desk review
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

CDCgov/sirfunctions#486 · 2026年9月22日建立
Refactor tidypolis to increase preprocessing speed
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 25/100

CDCgov/tidypolis#322 · 2026年9月21日建立
Support time-varying ascertainment on the shared model axis
可能重新可做 @developer-rpai 於 19 天前認領，目前沒有進行中的 PR。未關閉
- 哪裡不對？
model pyrenew

難度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

CDCgov/PyRenew#890 · 2 則留言 · 2026年9月20日建立

維護者通常 3 天內回覆
Rename EpiAutoGP to NowcastAutoGP
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 1-2 天新手友好度 58/100

CDCgov/cfa-stf-routine-forecasting#1327 · 2026年9月18日建立

維護者通常 1 天內回覆
Add Metrics Script to Codebase
未關閉
- 哪裡不對？
CDCgov/cfa-cloudops#291 · 2026年9月18日建立

維護者通常 3 天內回覆
[EPIC | CO] - Workflow Performance Reporting
未關閉
- 哪裡不對？
Epic

難度 5/5 一週以上新手友好度 35/100

CDCgov/cfa-cloudops#290 · 2026年9月18日建立

維護者通常 3 天內回覆
Consider sitting a max lookback for the baseline model
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 30/100

CDCgov/covid19-forecast-hub#1876 · 2026年9月17日建立

維護者通常 1 天內回覆
Workflow/Directory Structure Revamp
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 35/100

CDCgov/cfa-stf-routine-forecasting#1315 · 3 則留言 · 2026年9月17日建立

維護者通常 1 天內回覆
Drop omission capability for (canonical) date-based exclusions
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 35/100

CDCgov/cfa-stf-routine-forecasting#1314 · 1 則留言 · 2026年9月16日建立

維護者通常 1 天內回覆
negative control auto-QC "pass"
未關閉
- 哪裡不對？
Low Severity Bug: Universal

難度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

CDCgov/phoenix#225 · 1 則留言 · 2026年9月15日建立

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