Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Shared sparse one-hot (indicator) helper for squidpy and scanpy

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#224 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
72/100
Loại issue
Tái cấu trúc
Độ rõ ràng
Đặc tả rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
numpy, python
Lĩnh vực
tooling

Hướng nghiên cứu

Start with scanpy/get/_aggregated.py and squidpy/gr/_nhood.py, then review the proposed fast_array_utils.conv entry point and its sparse extra. Confirm the shared helper preserves missing labels, unused categories, mask handling, float64 output, and the stated matrix layouts; done means both callers use it without changing their current behavior.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

prettified with ai, basically saying we have two different functions we can unify here. low prio but good to document.

scanpy (sparse_indicator in scanpy/get/_aggregated.py) and squidpy (_onehot in squidpy/gr/_nhood.py) each keep a private helper that turns category codes into a sparse float64 indicator matrix, with a missing label (-1) giving no entry. They differ only in interface: scanpy takes a pd.Categorical and returns (n_categories, n_obs) as a coo_array with an optional mask, while squidpy takes a pd.Series and returns a (n_obs, n_categories) csr_matrix.

Proposal for fast_array_utils.conv (needs the sparse extra; takes codes since fast-array-utils doesn't depend on pandas):

def sparse_indicator(
    codes: NDArray[np.integer], n_categories: int, *, mask: NDArray[np.bool] | None = None
) -> coo_array:
    keep = codes >= 0 if mask is None else (codes >= 0) & mask
    obs = np.flatnonzero(keep)
    return coo_array((np.ones(obs.size), (obs, codes[keep])), shape=(codes.size, n_categories))
  • (n_obs, n_categories), the usual one-hot layout; scanpy takes .T (about 3 ms at 5M observations).
  • float64, as both callers use today.
  • Same cost as both copies today: squidpy converts the result to CSR, as it does now.

checked with missing labels, unused categories and mask.

as discussed in scverse/squidpy#1285

Ngôn ngữ chính
Python
Star
15
Fork
5
Merge trung bình
14 giờ 52 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
13

Chuẩn bị môi trường

Chúng tôi chưa kiểm tra các tệp thiết lập môi trường của dự án này. Hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của scverse/fast-array-utils

Tất cả issue của scverse/fast-array-utils

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.