Skip TPM normalisation for datasets with pseudo counts
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 68/100
- Loại issue
- Lỗi
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Sôi nổi
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- data-engineering
Hướng nghiên cứu
Start with compute_tpm.py and trace how the pipeline passes normalization status into TPM/CPM computation. Reproduce the Salmon pseudo-count case, then verify that the provided or downloaded normalization state is trusted and raw pseudo counts are not treated as FPKM/RPKM.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Description of the bug
Currently, the pipeline ignores the normalisation state and double-check whether a dataset is normalised or not by checking if count values are integer values. This is a mistake. For Salmon pseudo counts, the compute_tpm.py script will assume that coutn value are FPKM / RPKM, while they are raw counts.
Instead, the pipeline should trust the normalisation status of download / provided data and integrate this status in the tpm / cpm computation.
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 10
- Fork
- 4
- Merge trung bình
- 30 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 2
Chuẩn bị môi trường
Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của nf-core/stableexpression
-
bug
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
nf-core/stableexpression#68 ·
-
bug
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
nf-core/stableexpression#64 ·
-
Check species name at the very beginning of the pipeline using the NCBI Datasets APICó thể làm lại được @OlivierCoen đã nhận 45 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởenhancement
nf-core/stableexpression#35 · 1 người được giao ·
Tất cả issue của nf-core/stableexpression
Issue tương tự
-
Keybind quest outdatedĐang mởStatus: Triage Type: Quest
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 66/100
GTNewHorizons/GT-New-Horizons-Modpack#27490 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
retentioneering/retentioneering-tools#231 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
backend bug documentation
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
geolens-io/geolens#3568 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
enhancement
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
mprov-ng/mprov_control_center#450 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày