Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Add eukaryotic MAGs/bins support

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#40 0 bình luận 0 reaction 1 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

@KateSakharova đang làm issue này rồi.

Từ ngày 13/10/2026.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Lĩnh vực
bioinformatics

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách đọc các hạn chế của mags và bins trong docs/usage.md, sau đó lần theo việc tích hợp CheckM2 trong workflows/genomesubmit.nf. Xem xét các module nf-core hiện có và xác định cách nhận diện các genome là sinh vật nhân thực. Công việc được xem là hoàn tất khi các bước kiểm tra chất lượng và RNA cho sinh vật nhân thực hoạt động với độ bao phủ của nf-test, đồng thời tài liệu phản ánh các hạn chế đã được cập nhật.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

enhancement eukaryotes

Difficulty: Hard

Why this matters: the pipeline submits MAGs and bins to ENA (European Nucleotide Archive). Right now, if you don't already know the completeness, contamination and RNA presence of your genome, the pipeline calculates them for you, but only for prokaryotes (using CheckM2, barrnap and tRNAScan). If your MAG or bin is eukaryotic, those tools don't apply, so today you can only submit eukaryotic genomes if you provide all that metadata yourself in the samplesheet.

Some terms: ENA (European Nucleotide Archive) is the public repository this pipeline submits data to. A MAG (metagenome assembled genome) or bin is a genome reconstructed from metagenomic sequencing data. Completeness and contamination are quality scores based on how many expected marker genes are found. CheckM2 calculates these for prokaryotes, BUSCO or EukCC are the equivalent widely used tools for eukaryotes. RNA presence refers to detecting rRNA/tRNA genes, currently done with tools built for prokaryotes too.

Skills / experience: comfortable writing or adapting a Nextflow module (there's likely already a BUSCO/EukCC module in nf-core/modules to reuse rather than write from scratch) and workflows, some familiarity with genome annotation/analysis tools is helpful but not required going in. If Nextflow pipeline tests are new to you, the nf-core nf-test testing guide is worth a look since you'll need to add test coverage too.

Suggested approach:

  1. Read the mags and bins modes section of docs/usage.md, especially the "Limitations" part, to see exactly what's missing for eukaryotic genomes today.
  2. Read through workflows/genomesubmit.nf to see how CheckM2 is currently wired in.
  3. Pick one piece to start with rather than everything at once, BUSCO/EukCC for completeness/contamination is a reasonable first target.
  4. Install BUSCO/EukCC nf-core/module using nf-core toolkit.
  5. You'll need some way to flag a genome as eukaryotic so the workflow knows to route it to BUSCO/EukCC instead of CheckM2, there isn't a column for that yet, so part of the task is deciding how to add one (new samplesheet column, or a pipeline parameter).
  6. Automate BUSCO database creation/download if it is required.
  7. Once this is done, configure barrnap and tRNAScan to detect eukaryotic genes (see their documentation to find exact flags). If it's impossible explore other tools that can be used for the purpose.
  8. Add nf-test coverage using a small eukaryotic test genome.
  9. Update the limitations section in docs/usage.md once this is working.
Ngôn ngữ chính
Nextflow
Star
22
Fork
11
Merge trung bình
1 ngày 4 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
8

Chuẩn bị môi trường

Mở trong Codespaces

Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của nf-core/seqsubmit

Tất cả issue của nf-core/seqsubmit

Issue tương tự

Thêm issue về Bioinformatics

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.