Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

MultiQC skips assembly metadata table for co-assemblies (comma in quoted Runs field)

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#115 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
Nửa ngày
Mức phù hợp với người mới
70/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Đặc tả rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Start with the CONCAT_METADATA output, assemblies_metadata.csv, where a co-assembly row has a quoted Runs field containing commas, and with assets/multiqc_config.yml, which configures the assembly_metadata custom content. Reproduce with tests/assembly_coassembly_with_coverage.nf.test and check multiqc.log for the column-count warning. Done when that warning is gone, the assembly_metadata files appear in the co-assembly snapshots, and the single-run tests still pass.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

bug
Description of the bug

Description

For co-assemblies, the "Assembly metadata" section is missing from the MultiQC report. multiqc_assembly_metadata.txt and the assembly_metadata.{png,svg,pdf} plots are not produced. Single-run assemblies are not affected.

Cause

assemblies_metadata.csv (from CONCAT_METADATA) stores multiple run accessions as one quoted CSV field:

Runs,Coverage,Assembler,Version,Filepath,Sample
"SRR3183850,SRR3183951",45.5,SPAdes,3.15,genome.fna.gz,ERS32616275

This is valid CSV. However, MultiQC custom content splits rows on every delimiter and ignores quoting. It reads 7 columns in the data row against 6 in the header, and drops the file:

[WARNING] Inconsistent number of columns found in assemblies_metadata.csv. Skipping..
[WARNING] Not able to parse custom data in assemblies_metadata.csv

To reproduce

nf-test test tests/assembly_coassembly_with_coverage.nf.test --profile +docker --verbose

Then check multiqc.log in the MULTIQC work dir. The current tests/assembly_coassembly_*.nf.test.snap snapshots were recorded with this bug, so they don't contain the assembly_metadata files.

Expected behaviour

The co-assembly metadata table appears in the MultiQC report, with all source runs listed in the Runs column.

Possible fix

Give MultiQC its own copy of the metadata without changing the CSV used for manifest generation. Either:

  • convert the MultiQC copy to TSV and set file_format: tsv for assembly_metadata in assets/multiqc_config.yml, or
  • join run accessions with ; in the MultiQC copy only.

After the fix, regenerate the co-assembly snapshots.

Command used and terminal output
Relevant files

No response

System information

No response

Ngôn ngữ chính
Nextflow
Star
22
Fork
11
Merge trung bình
1 ngày 4 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
8

Chuẩn bị môi trường

Mở trong Codespaces

Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của nf-core/seqsubmit

Tất cả issue của nf-core/seqsubmit

Issue tương tự

Thêm issue về Data Engineering

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.