Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Allow single contig genomes to be submitted as chromosomes for long-reads

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#109 0 bình luận 0 reaction 1 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

@Vkale1 đang làm issue này rồi.

Từ ngày 16/10/2026.

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Mô tả

enhancement
Description of feature

Single-contig genomes as chromosomes (--mode mags / bins)

genome_uploader PRs 59-61 already handle this, and pipeline needs to be modified to support it.

ENA chromosome-level submissions need a chromosome list file as an output from GENOME_UPLOAD and workflows/genomesubmit.nf needs to join them by sample ID.
Single-contig is a new field in the genome uploader input csv

Add a single-contig MAG test (test_mag_single_contig) and it shouold expect chromosome file and successful submission
make it conditional for long-reads only. Currently <1 contig is filtered, we can change this to <2 for short reads?

Ngôn ngữ chính
Nextflow
Star
22
Fork
11
Merge trung bình
1 ngày 4 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
8

Chuẩn bị môi trường

Mở trong Codespaces

Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của nf-core/seqsubmit

Tất cả issue của nf-core/seqsubmit

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.