I can't obtain the pa.json[.gz] file to create plots
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
- Loại issue
- Tài liệu
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Lĩnh vực
- bioinformatics, documentation
Hướng nghiên cứu
Xem xét tài liệu MiXCR v4.3.2 về workflow phân tích RNA-seq/SAM và đầu vào plotting pa.json[.gz]. Xác định người dùng nên lấy hoặc tạo tệp này ở đâu, sau đó ghi lại bước bắt buộc kèm một ví dụ. Đồng thời làm rõ cách bước này cho phép tạo plot.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
I do the RNA-seq analysis and use SAM file,I obtained the expected output files with that analysis. However, during the process, I realized that I do not have the required pa.json[.gz] file to create the plots for my analysis.
Could someone guide me on how to create the pa.json[.gz] file or provide any insights on obtaining it? I am particularly interested in generating plots from the analysis, and having the pa.json[.gz] file is crucial for this task.
I read the documentation, but I can't find how create the file.
Any assistance, suggestions, or examples related to creating the pa.json[.gz] file would be greatly appreciated.
I have the MiXCR v4.3.2.
Thank you for your time and assistance.
- Ngôn ngữ chính
- SCSS
- Star
- 5
- Fork
- 6
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của milaboratory/docs
-
Species listĐang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
milaboratory/docs#66 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
milaboratory/docs#65 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 35/100
milaboratory/docs#64 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 15/100
milaboratory/docs#59 · 17 bình luận ·
-
plotting over sshĐang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
milaboratory/docs#56 ·
Tất cả issue của milaboratory/docs
Issue tương tự
-
Document known limitations.Đang mởdocumentation
Độ khó 1/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 83/100
nf-core/pairgenomealign#167 ·
-
Handle divergent markersĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 67/100
nf-core/taxmarker#80 · 2 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Exclude KM192300.1 from indexĐang mởrepo:mgs-workflow
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 84/100
securebio/nao-mgs-workflow#1092 · 2 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
filter_variants declares POST, PRIOR, SPECLL and NORMLL as Number=A but writes five values per recordCó thể đã có người làm @yfarjoun đã nhận 2 ngày trước. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
broadinstitute/permutect#304 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
nf-core/plasmodiumdrugres#119 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày