`dandi upload <path>` reviews all local files before upload

Đang mở

#1,676 mở ngày 11/8/2025 9 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó: 3/5
Thời gian dự kiến: 1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới: 42/100

Loại issue: Lỗi
Độ rõ ràng: Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động: Đình trệ
Công nghệ: python
Lĩnh vực: cli

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu tại điểm vào của lệnh dandi upload và tái hiện hành vi được báo cáo với đường dẫn .trk duy nhất và --validation skip, đồng thời so sánh log "Found 2 files to consider" với đường dẫn được yêu cầu. Truy tìm lý do các tệp cục bộ không liên quan và siêu dữ liệu dataset bị kiểm tra; được xem là hoàn tất khi một đường dẫn tệp cụ thể được xác thực và tải lên mà không xem xét các asset không liên quan, trong khi cơ chế discovery mặc định vẫn không thay đổi.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hi @yarikoptic @CodyCBakerPhD,

Anastasia is trying to upload a single .trk file to lincbrain.org. She has local files (.jp2, .zarr, .png) that are on not in the Dandiset on lincbrain.org. Based on the logs it seems that the DANDI Client is going through all of those local files (to validate?) before uploading the .trk file.

However, based on the docs it seems that we should be able to pass a path to dandi upload ,and only validate and upload that file:

By default, all *.nwb, *.zarr, and *.ngff assets in the Dandiset (ignoring directories starting with a period) will be considered for the upload. You can point to specific files you would like to validate and have uploaded.

Below are the commands she has tried (among other variants):

Command 1

dandi upload -i linc sub-MF278-sample-brain-desc-CSD-tractography-prob-dhollander-seed-label99-x39.5-y16.5-z35.trk

Command 2

DANDI_DEVEL=1 dandi upload -i linc --allow-any-path --validation skip derivatives/sub-MF278/dwi/sub-MF278-sample-brain-desc-CSD-tractography-prob-dhollander-seed-label99-x39.5-y16.5-z35.trk

Head of the log file

2025-08-11T11:06:08-0400 [INFO    ] dandi 418040:22946905679424 python 3.13.5, dandi 0.69.3, dandischema 0.11.0, h5py 3.14.0, hdmf 4.1.0, pynwb 3.0.0, requests 2.32.4, urllib3 2.4.0
2025-08-11T11:06:08-0400 [INFO    ] dandi 418040:22946905679424 sys.argv = ['/space/aspasia/2/users/code/miniforge3/envs/dandi/bin/dandi', 'upload', '-i', 'linc', '--allow-any-path', '--validation', 'skip', 'derivatives/sub-MF278/dwi/sub-MF278-sample-brain-desc-CSD-tractography-prob-dhollander-seed-label99-x39.5-y16.5-z35.trk']
2025-08-11T11:06:08-0400 [INFO    ] dandi 418040:22946905679424 os.getcwd() = /autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] urllib3.connectionpool 418040:22946905679424 Starting new HTTPS connection (1): rig.mit.edu:443
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] dandi 418040:22946905679424 Could not check dandi/dandi-cli for version updates: Connection to server could not be made
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] urllib3.connectionpool 418040:22946905679424 Starting new HTTPS connection (1): api.lincbrain.org:443
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] urllib3.connectionpool 418040:22946905679424 https://api.lincbrain.org:443 "GET /api/info/ HTTP/1.1" 200 358
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] dandi 418040:22946905679424 GET https://api.lincbrain.org/api/info/
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] urllib3.connectionpool 418040:22946905679424 Starting new HTTPS connection (1): api.lincbrain.org:443
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] urllib3.connectionpool 418040:22946905679424 https://api.lincbrain.org:443 "GET /api/info/ HTTP/1.1" 200 358
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] dandi 418040:22946905679424 Response: 200
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] dandi 418040:22946905679424 Using api key from DANDI_API_KEY environment variable
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] dandi 418040:22946905679424 GET https://api.lincbrain.org/api/auth/token
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] urllib3.connectionpool 418040:22946905679424 https://api.lincbrain.org:443 "GET /api/auth/token HTTP/1.1" 301 None
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] urllib3.connectionpool 418040:22946905679424 https://api.lincbrain.org:443 "GET /api/auth/token/ HTTP/1.1" 200 42
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] dandi 418040:22946905679424 Response: 200
2025-08-11T11:06:08-0400 [DEBUG   ] dandi 418040:22946905679424 Found identifier DANDI:000003 in top level 'identifier'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] h5py._conv 418040:22946905679424 Creating converter from 7 to 5
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] h5py._conv 418040:22946905679424 Creating converter from 5 to 7
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] h5py._conv 418040:22946905679424 Creating converter from 7 to 5
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] h5py._conv 418040:22946905679424 Creating converter from 5 to 7
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'zlib'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'gzip'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'bz2'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'lzma'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'blosc'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'zstd'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'lz4'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'astype'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'delta'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'quantize'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'fixedscaleoffset'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'packbits'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'categorize'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'pickle'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'base64'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'shuffle'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'bitround'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'crc32'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'adler32'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'jenkins_lookup3'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'json2'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'vlen-utf8'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'vlen-bytes'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'vlen-array'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'fletcher32'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'msgpack2'
2025-08-11T11:06:09-0400 [DEBUG   ] numcodecs 418040:22946905679424 Registering codec 'n5_wrapper'
2025-08-11T11:06:10-0400 [INFO    ] dandi 418040:22946905679424 Found 2 files to consider
2025-08-11T11:06:10-0400 [DEBUG   ] fscacher.cache 418040:22941210412800 Calling memoized version of <function get_digest at 0x14dd6afeef20> for /autofs/space/nyx_002/users/data/macaque/MF278/DSI/shelled_data/mrtrix/csdprob_dhollander_seed_label99_x39.5_y16.5_z35.trk
2025-08-11T11:06:10-0400 [DEBUG   ] dandi 418040:22941210412800 GET https://api.lincbrain.org/api/dandisets/000003/versions/draft/assets/
2025-08-11T11:06:11-0400 [DEBUG   ] urllib3.connectionpool 418040:22941210412800 https://api.lincbrain.org:443 "GET /api/dandisets/000003/versions/draft/assets/?path=derivatives%2Fsub-MF278%2Fdwi%2Fsub-MF278-sample-brain-desc-CSD-tractography-prob-dhollander-seed-label99-x39.5-y16.5-z35.trk HTTP/1.1" 200 52
2025-08-11T11:06:11-0400 [DEBUG   ] dandi 418040:22941210412800 Response: 200
2025-08-11T11:06:11-0400 [WARNING ] bidsschematools 418040:22941210412800 No BIDS reference root provided.
2025-08-11T11:06:11-0400 [INFO    ] bidsschematools 418040:22941210412800 No schema path specified, defaulting to the bundled schema, `/autofs/space/aspasia_002/users/code/miniforge3/envs/dandi/lib/python3.13/site-packages/bidsschematools/data/schema.json`.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Checking file `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/participants.tsv`.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Trying file types:
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/participants.tsv`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>dataset_description\.json)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/participants.tsv`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>CITATION\.cff)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/participants.tsv`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<stem>(?s:README))(?P<extension>|\.md|\.rst|\.txt)\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/participants.tsv`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>CHANGES)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/participants.tsv`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>LICENSE)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/participants.tsv`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>genetic_info\.json)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/participants.tsv`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>code)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/participants.tsv`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>derivatives)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/participants.tsv`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>sourcedata)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/participants.tsv`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>stimuli)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/participants.tsv`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<stem>(?s:participants))(?P<extension>\.tsv|\.json)\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Match identified.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Checking file `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/dataset_description.json`.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Trying file types:
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/dataset_description.json`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>dataset_description\.json)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Match identified.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Checking file `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/README`.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Trying file types:
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/README`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>dataset_description\.json)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/README`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>CITATION\.cff)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/README`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<stem>(?s:README))(?P<extension>|\.md|\.rst|\.txt)\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Match identified.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Checking file `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s25nDF.jp2`.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Trying file types:
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s25nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>dataset_description\.json)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s25nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>CITATION\.cff)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s25nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<stem>(?s:README))(?P<extension>|\.md|\.rst|\.txt)\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s25nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>CHANGES)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s25nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>LICENSE)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s25nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>genetic_info\.json)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s25nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>code)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s25nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>derivatives)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s25nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>sourcedata)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Match identified.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Checking file `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s04nDF.jp2`.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Trying file types:
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s04nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>dataset_description\.json)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s04nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>CITATION\.cff)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s04nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<stem>(?s:README))(?P<extension>|\.md|\.rst|\.txt)\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s04nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>CHANGES)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s04nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>LICENSE)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s04nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>genetic_info\.json)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s04nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>code)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s04nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>derivatives)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s04nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>sourcedata)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Match identified.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Checking file `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s27nDF.jp2`.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Trying file types:
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s27nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>dataset_description\.json)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s27nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>CITATION\.cff)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s27nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<stem>(?s:README))(?P<extension>|\.md|\.rst|\.txt)\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s27nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>CHANGES)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s27nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>LICENSE)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s27nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>genetic_info\.json)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s27nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>code)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s27nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>derivatives)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	* `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s27nDF.jp2`, with pattern: `(?:.*/)?(?P<path>sourcedata)(?:/.*)?\Z`
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Match identified.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Checking file `/autofs/space/aspasia_002/users/linc/000003/sourcedata/sub-MN115/micr/mn115LY_c21_s24mDF.jp2`.
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 Trying file types:
2025-08-11T11:06:13-0400 [DEBUG   ] bidsschematools 418040:22941210412800 	*

Thank you.

cc @ayendiki @satra

note: extract from head of log with versions (might be outdated): python 3.13.5, dandi 0.69.3, dandischema 0.11.0, h5py 3.14.0, hdmf 4.1.0, pynwb 3.0.0, requests 2.32.4, urllib3 2.4.0

Ngôn ngữ chính: Python
Star: 29
Fork: 37
Merge trung bình: 1 ngày 10 giờ
Pull request đã merge (30 ngày): 17

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của dandi/dandi-cli

pynwb metadata: get neurodata types
Có thể làm lại được Pull request cho issue này đã bị đóng mà không được merge. Đang mở
- Có gì không ổn?
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100

dandi/dandi-cli#611 · Mở ngày 4/5/2021

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
`metadata.nwb.get_metadata()` validates the whole BIDS dataset for every NWB file, then discards the result
Có thể đã có người làm @CodyCBakerPhD đã nhận 14 ngày trước. Đang mở
- Có gì không ổn?
BIDS performance

dandi/dandi-cli#1962 · 1 bình luận · 1 người được giao · Mở ngày 13/10/2026

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
`bids_version` is always `None` since the switch to bids-validator-deno
Đang mở
- Có gì không ổn?
BIDS bug

Độ khó 3/5 Nửa ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

dandi/dandi-cli#1961 · 4 bình luận · Mở ngày 13/10/2026

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
Support NWB files stored as Zarr (`.nwb.zarr`)
Đang mở
- Có gì không ổn?
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

dandi/dandi-cli#1920 · 2 bình luận · Mở ngày 10/9/2026

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
Zarr depth limit rejects NWB chunk paths
Đang mở
- Có gì không ổn?
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 64/100

dandi/dandi-cli#1919 · Mở ngày 10/9/2026

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Tất cả issue của dandi/dandi-cli

Issue tương tự

benchmark: CSV report files contain blank records on Windows
Đang mở
- Có gì không ổn?
component:benchmark

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100

agentic-os-org/ANOLISA#9177 · Mở ngày 27/10/2026

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
[Bug]: Knoppix website link points to knoppix.org (expired TLS, dead frame) instead of https://knopper.net/knoppix/
Đang mở
- Có gì không ổn?
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 88/100

distrochooser/distrochooser#520 · Mở ngày 27/10/2026

Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
fem: gui: unit tests: running the fem gui test suite from the freecad gui should delete temp files after completion
Đang mở
- Có gì không ổn?
Status: Needs confirmation Status: Needs triage

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 64/100

FreeCAD/FreeCAD#33941 · Mở ngày 27/10/2026

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
[BUG] Published Docker images lack the redis extra: HEADROOM_COMPRESS_SESSION_STORE stops startup
Có thể đã có người làm @AlessandroSpallina đã nhận hôm nay. Đang mở
- Có gì không ổn?
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100

headroomlabs-ai/headroom#4513 · Mở ngày 27/10/2026

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
Add "episilon" (should be "epsilon")
Đang mở
- Có gì không ổn?
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 65/100

codespell-project/codespell#4060 · Mở ngày 27/10/2026

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Thêm issue về Python

`dandi upload <path>` reviews all local files before upload

Có gì không ổn?

Đánh giá

Hướng nghiên cứu

Mô tả

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

Issue khác của dandi/dandi-cli

Có gì không ổn?

Có gì không ổn?

Có gì không ổn?

Có gì không ổn?

Có gì không ổn?

Issue tương tự

Có gì không ổn?

Có gì không ổn?

Có gì không ổn?

Có gì không ổn?

Có gì không ổn?

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn