Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Inconsistency in naming of extracted representations

Đang mở Phù hợp với người mới
  • Có gì không ổn?
#6 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
2/5
Thời gian dự kiến
1-3 giờ
Mức phù hợp với người mới
74/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Đặc tả rõ ràng
Mức độ hoạt động
Ít trao đổi
Công nghệ
python
Lĩnh vực
bioinformatics, machine-learning

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với hướng dẫn trích xuất trong pretrain_repr/openfold và kiểm tra các đường dẫn biểu diễn được src/data/full_atom/feat_loader.py sử dụng khi được gọi từ src/eval.py. So sánh các tên được tạo .node_repr.recycleN.npy và .edge_repr.recycleN.npy với các đường dẫn mà loader mong đợi, sau đó xác minh rằng src/eval.py có thể tải thành công cả hai biểu diễn.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hello,

Really nice work! I think I encountered a minor inconsistency in the naming of the extracted representations. Specifically, after running the guideline in pretrain_repr/openfold, the extracted representations have the format:

{name}.edge_repr.recycle3.npy and {name}.node_repr.recycle3.npy

So, when running src/eval.py the code has a bug in src/data/full_atom/feat_loader.py :

if self.node_size > 0:
    node_repr_path = (
    self.data_root
    / f"{prefix}"
   / f"{prefix}_recycle{self.num_recycles:d}_single_repr.npy"

because it searches for a representation with a different naming. To make it work I had to do the following:

Replace in line 53:

node_repr_path = (
                self.data_root
                / f"{prefix}"
                / f"{prefix}_recycle{self.num_recycles:d}_single_repr.npy"
            )

with

node_repr_path = Path(
                str(self.data_root / f"{prefix}")
                + f".node_repr.recycle{self.num_recycles:d}.npy"
            )

Replace in line 67:

edge_repr_path = (
                self.data_root
                / f"{prefix}"
                / f"{prefix}_recycle{self.num_recycles:d}_pair_repr.npy"
            )

with

edge_repr_path = Path(
                str(self.data_root / f"{prefix}")
                + f".edge_repr.recycle{self.num_recycles:d}.npy"
            )

After these changes, it worked on my case.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
90
Fork
6
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của bytedance/ConfDiff

Tất cả issue của bytedance/ConfDiff

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.