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Inconsistency in naming of extracted representations

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Evaluación

Dificultad
2/5
Tiempo estimado
1-3 horas
Aptitud para principiantes
74/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bien especificado
Estado de actividad
Tranquilo
Stack tecnológico
python
Área
bioinformatics, machine-learning

Línea de trabajo

Comienza con la guía de extracción en pretrain_repr/openfold e inspecciona las rutas de representación utilizadas por src/data/full_atom/feat_loader.py cuando se llama desde src/eval.py. Compara los nombres generados .node_repr.recycleN.npy y .edge_repr.recycleN.npy con las rutas esperadas por el loader y, a continuación, verifica que src/eval.py pueda cargar correctamente ambas representaciones.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Hello,

Really nice work! I think I encountered a minor inconsistency in the naming of the extracted representations. Specifically, after running the guideline in pretrain_repr/openfold, the extracted representations have the format:

{name}.edge_repr.recycle3.npy and {name}.node_repr.recycle3.npy

So, when running src/eval.py the code has a bug in src/data/full_atom/feat_loader.py :

if self.node_size > 0:
    node_repr_path = (
    self.data_root
    / f"{prefix}"
   / f"{prefix}_recycle{self.num_recycles:d}_single_repr.npy"

because it searches for a representation with a different naming. To make it work I had to do the following:

Replace in line 53:

node_repr_path = (
                self.data_root
                / f"{prefix}"
                / f"{prefix}_recycle{self.num_recycles:d}_single_repr.npy"
            )

with

node_repr_path = Path(
                str(self.data_root / f"{prefix}")
                + f".node_repr.recycle{self.num_recycles:d}.npy"
            )

Replace in line 67:

edge_repr_path = (
                self.data_root
                / f"{prefix}"
                / f"{prefix}_recycle{self.num_recycles:d}_pair_repr.npy"
            )

with

edge_repr_path = Path(
                str(self.data_root / f"{prefix}")
                + f".edge_repr.recycle{self.num_recycles:d}.npy"
            )

After these changes, it worked on my case.

Lenguaje dominante
Python
Estrellas
90
Forks
6
Sin PR fusionados en 30 d

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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