Taxonomic levels Genus names at Family rank
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評価
調査の方向性
まず、R スニペットを使って getCompendium() と rowData(vcpd) で科レベルの件数を再現し、次に分類体系のソースをリンクされた dada2-reference-databases の issue と比較します。Anaerococcus や Finegoldia などの名前が科レベルで誤って割り当てられているかどうかを判断し、影響を受ける分類体系を文書化または修正できれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Dear Authors,
Congrats on this huge task and thanks for creating this resource.
When exploring the data at family level, I noticed an issue regarding taxonomy that was highlighted couple of year back in the dada2 silva database. I am not sure if the source database used in this study is from this repository but there seems to be the same issue.
https://github.com/mikemc/dada2-reference-databases/issues/1
# BiocManager::install('seandavi/MicroBioMap')
library(MicroBioMap)
library(mia)
library(dplyr)
cpd <- getCompendium()
saveRDS(cpd, 'MicroBioMapDataTSE.rds')
vcpd <- mia::subsetByPrevalentFeatures(cpd,
detection=0.0001,
prevalence=0.01,
as_relative = TRUE)
dplyr::count(as.data.frame(rowData(vcpd)), family)
examples of genus level names at family level are Anaerococcus, Ezakiella, Finegoldia, Parvimonas, Peptoniphilus etc
Best wishes,
Sudarshan
- 主要言語
- R
- スター
- 17
- フォーク
- 3
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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