JBrowse 2 dump: translate every organism's tracks.conf tracks to v5

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#268 2 bình luận 0 reaction 1 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

@jbrestel đang làm issue này rồi.

Từ ngày 12/11/2026.

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Mô tả

Under VEuPathDB/agentic-project-management#5 (track configs at scale). Decision 0008 (John, 2026-11-11): every static tracks.conf track goes to v5. Today none does: the v5 dump only carries tracks the Perl producers emit, and these 122 tracks (pfal3D7 17 + 104 across 51 other organisms, Model/lib/jbrowse/<abbrev>/tracks.conf) are hand-written JBrowse 1 stanzas.

Approach: the dump reads each organism's tracks.conf and translates every stanza into a v5 track. One translator, no per-track code; tracks.conf stays the one list curators edit, now feeding JBrowse 1 and v5. JBrowse 1 is untouched (read only).

Rules:

  • Store class → v5 adapter by an explicit table: GFF3Tabix → Gff3TabixAdapter, BEDTabix → BedTabixAdapter, BigBed → BigBedAdapter, BigWig → BigWigAdapter (Quantitative), MultiBigWig → MultiWiggle (MultiQuantitative), BAM → BamAdapter (Alignments), GTF → v5's GTF adapter if beta.18 registers one.

  • REST stanzas: not translatable (v5 has no REST store); listed in the dump report, not emitted. Any other unknown store class fails the dump, so a newly curated track can't silently vanish.

  • Track contract (0007): trackId <abbrev>_<label> sanitized and deterministic; assemblyNames; locations stay store URLs; category from the stanza; passes the validator and jbrowse validate.

  • Styling callbacks in a stanza ({...} / function(...) colour, height, details): mapped to a VEuPathDBDisplay veupath* call when one exists, else stock; unmapped ones listed in the report.

  • Translator in JBrowseConfigRelease (hub build), with the store table and report

  • Tests per store class, REST skip, unknown-class failure, styling mapping

  • All 51 + pfal3D7 organisms translate; counts per kind vs 0008's table; REST list

  • Render checks: tgonME49 (35 tracks), tbruTREU927 (9), one signal and one microarray track

  • JBrowse 1 / Apollo output identical

  • PR merged

Starts after the full UniDB dump lands (VEuPathDB/ApiCommonModel#265).

Ngôn ngữ chính
Perl
Star
1
Fork
1
Merge trung bình
1 giờ 35 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
20

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của VEuPathDB/ApiCommonModel

Tất cả issue của VEuPathDB/ApiCommonModel

Issue tương tự

Thêm issue về Perl

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.