JBrowse 2 dump: translate every organism's tracks.conf tracks to v5
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@jbrestel 已经在做这个了。
开始于 2026年11月12日。
评估
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描述
Under VEuPathDB/agentic-project-management#5 (track configs at scale). Decision 0008 (John, 2026-11-11): every static tracks.conf track goes to v5. Today none does: the v5 dump only carries tracks the Perl producers emit, and these 122 tracks (pfal3D7 17 + 104 across 51 other organisms, Model/lib/jbrowse/<abbrev>/tracks.conf) are hand-written JBrowse 1 stanzas.
Approach: the dump reads each organism's tracks.conf and translates every stanza into a v5 track. One translator, no per-track code; tracks.conf stays the one list curators edit, now feeding JBrowse 1 and v5. JBrowse 1 is untouched (read only).
Rules:
-
Store class → v5 adapter by an explicit table:
GFF3Tabix→ Gff3TabixAdapter,BEDTabix→ BedTabixAdapter,BigBed→ BigBedAdapter,BigWig→ BigWigAdapter (Quantitative),MultiBigWig→ MultiWiggle (MultiQuantitative),BAM→ BamAdapter (Alignments),GTF→ v5's GTF adapter if beta.18 registers one. -
RESTstanzas: not translatable (v5 has no REST store); listed in the dump report, not emitted. Any other unknown store class fails the dump, so a newly curated track can't silently vanish. -
Track contract (0007):
trackId<abbrev>_<label>sanitized and deterministic;assemblyNames; locations stay store URLs; category from the stanza; passes the validator andjbrowse validate. -
Styling callbacks in a stanza (
{...}/function(...)colour, height, details): mapped to a VEuPathDBDisplayveupath*call when one exists, else stock; unmapped ones listed in the report. -
Translator in
JBrowseConfigRelease(hub build), with the store table and report -
Tests per store class, REST skip, unknown-class failure, styling mapping
-
All 51 + pfal3D7 organisms translate; counts per kind vs 0008's table; REST list
-
Render checks: tgonME49 (35 tracks), tbruTREU927 (9), one signal and one microarray track
-
JBrowse 1 / Apollo output identical
-
PR merged
Starts after the full UniDB dump lands (VEuPathDB/ApiCommonModel#265).
- 主要语言
- Perl
- 星标
- 1
- 派生
- 1
- 平均合并
- 1 小时 35 分钟
- 30 天内合并 PR
- 20
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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