JB5: createJBrowseConfigRelease output order isn't deterministic (6 of 18 JSON files)

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#272 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
54/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
perl
Lĩnh vực
backend

Hướng nghiên cứu

Start by locating createJBrowseConfigRelease and the producers that assemble arrays in the six named JSON files; inspect their iteration order and check whether the v5 hubs reorder the same data. Sort the relevant output by track label or the source's natural key while preserving JBrowse 1/Apollo content. Run the release twice with identical inputs and the default hash seed, then compare the JBrowse 1 JSON and v5 tree with diff -r.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Two runs of createJBrowseConfigRelease (appType jbrowse) from the same code and inputs produce JSON that differs in array order in 6 of 18 files. Content is the same; order isn't.

Found by jbrowse5-migration/0069 (VEuPathDB/ApiCommonModel#271) while comparing JBrowse 1/Apollo output before and after the PR: pfal3D7 chipseq, organismSpecific, rnaseq; pknoH organismSpecific; tgonME49 organismSpecific, rnaseq. The same 6 differ between two after-runs, so this predates #271. Likely Perl hash iteration order in the producers.

Blocks VEuPathDB/agentic-project-management#76's determinism check ("dump the same project twice ... diff -r identical ... without pinning PERL_HASH_SEED"). With rsync --checksum, every run would also re-ship unchanged files.

  • Find the unsorted iteration(s) in the producers (and confirm whether the v5 hubs show the same reordering)
  • Sort deterministically (by track label or the source's natural key), keeping JBrowse 1/Apollo output equal ignoring order
  • Two runs, same inputs, default hash seed: diff -r identical for the JBrowse 1 JSON and the v5 tree
Ngôn ngữ chính
Perl
Star
1
Fork
1
Merge trung bình
1 giờ 35 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
20

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của VEuPathDB/ApiCommonModel

Tất cả issue của VEuPathDB/ApiCommonModel

Issue tương tự

Thêm issue về Perl

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.